残疾军人协议解除劳动合同是否有补偿，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、协议解除劳动合同的基本情况
协议解除劳动合同，即双方协商一致解除劳动合同。在这种情况下，是否支付经济补偿，主要取决于双方协商的内容和劳动合同的约定。如果双方在协议中明确约定了经济补偿的支付，那么用人单位应当按照约定支付。
二、残疾军人的特殊权益
残疾军人作为特殊群体，在解除劳动合同时，除了享受一般劳动者的权益外，还可能享有一些特殊权益。这些权益可能包括但不限于：
一次性伤残就业补助金：根据《工伤保险条例》及相关规定，残疾军人在与用人单位解除劳动关系后，可能有权获得一次性伤残就业补助金。具体金额和发放标准由各地根据实际情况制定，这通常是对残疾军人因伤残而可能面临的就业困难的一种补偿。
其他可能的补偿或优惠：残疾军人还可能享有其他福利待遇，如医疗补助、住房优惠等。这些待遇的具体内容和申请方式需咨询当地相关部门或用人单位，以了解是否有针对残疾军人的特殊政策。
三、协议解除时的补偿情况
双方协商一致且约定补偿：如果双方在协议解除劳动合同时，明确约定了经济补偿的支付，那么用人单位应当按照约定支付补偿金。
双方协商一致但未约定补偿：如果双方在协议中未约定经济补偿，且残疾军人没有因伤残而遭受额外的损失或困难，那么用人单位可能无需支付额外的经济补偿。然而，如果残疾军人能够证明因伤残而遭受了额外的损失或困难，且这些损失或困难与解除劳动合同有直接关系，那么他们可能有权要求用人单位给予一定的补偿。
用人单位存在过错：如果用人单位在解除劳动合同过程中存在过错，如未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等，残疾军人有权要求用人单位支付经济补偿，甚至可能要求继续履行合同或获得经济赔偿。
四、建议与注意事项
明确协议内容：在协议解除劳动合同时，残疾军人应仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保障。特别是关于经济补偿的条款，应明确约定补偿的金额、支付方式等。
咨询专业意见：由于残疾军人的情况可能较为复杂，建议在解除劳动合同前咨询专业律师或相关法律机构，以获取更准确的法律意见和帮助。
保留相关证据：在解除劳动合同过程中，残疾军人应保留好相关证据，如劳动合同、工资单、伤残证明等，以便在必要时维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供更详细、更准确的法律意见。