在原告初步举证证明工程款金额，而被告不认可的情况下，通常应当由被告申请鉴定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律原则与规定
在民事诉讼中，举证责任一般遵循“谁主张，谁举证”的原则。然而，在特定情况下，如涉及专业性问题或需要特定技术手段进行验证的事实，法律可能规定由特定一方承担举证责任或申请鉴定。在工程款纠纷中，当原告初步举证证明工程款金额后，若被告对此提出异议，且该异议涉及工程量的计算、工程质量的评估等需要专业鉴定的问题，那么根据诉讼的公平性和效率原则，由被告申请鉴定是更为合理的选择。
二、实践操作与考量
被告的异议权与举证责任：
- 被告作为对原告主张工程款金额的异议方，有责任提供相反证据来支持其异议。若被告无法提供直接证据，而该争议又涉及专业性问题，那么申请鉴定成为其证明自己主张的有效途径。
- 若被告不申请鉴定，且无法提供其他有效证据来反驳原告的主张，那么法院可能会根据原告提供的初步证据来认定工程款金额，这对被告来说是不利的。
鉴定申请的提出时机与后果：
- 被告应在合理的期限内提出鉴定申请，并预交鉴定费用。若被告未在规定期限内提出申请或未预交费用，可能会被视为放弃鉴定权利，从而承担不利的诉讼后果。
- 鉴定结果将作为法院认定工程款金额的重要依据。若鉴定结果支持原告的主张，被告将需要承担相应的工程款支付责任；若鉴定结果支持被告的主张或部分支持，则法院将根据鉴定结果来调整工程款金额。
三、特殊情况下的处理
原告申请鉴定的情形：
- 虽然通常情况下由被告申请鉴定，但在某些特殊情况下，如原告提供的初步证据存在明显瑕疵或不足，且该瑕疵或不足直接影响工程款金额的认定时，法院可能会要求原告进一步举证或直接要求原告申请鉴定。
- 另外，若双方对工程款金额均存在争议，且均无法提供充分证据来支持自己的主张时，法院也可能根据案件具体情况要求双方共同申请鉴定或指定一方申请鉴定。
法院依职权启动鉴定的情形：
- 在涉及国家利益、社会公共利益或他人合法权益的情况下，法院可能会依职权启动鉴定程序，以查明案件事实。然而，在工程款纠纷中，这种情况相对较少见。
四、建议与风险提示
对于被告：
- 若对原告主张的工程款金额存在异议，应及时提出并申请鉴定，以避免因举证不能而承担不利的诉讼后果。
- 在申请鉴定时，应选择具有相应资质和信誉的鉴定机构，并确保鉴定程序的合法性和公正性。
对于原告：
- 在初步举证时，应尽可能提供充分、完整的证据来支持自己的主张，以减少被告提出异议的可能性。
- 若被告提出异议并申请鉴定，应积极配合鉴定工作，并提供必要的协助和资料。
如有任何关于工程款纠纷或其他婚姻家庭、合同纠纷方面的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业、全面的法律建议。