在合同纠纷中，若对原告提交的书面材料不认可，通常由被告方来申请鉴定，但具体谁申请鉴定还需根据实际情况和证据规则来判断。以下从几个角度详细分析：
被告申请鉴定的常见情形：
- 在合同纠纷中，如果被告对原告提交的书面材料（如合同、收据、往来邮件等）的真实性、合法性或关联性有异议，且这些材料是案件的关键证据，那么被告通常需要承担举证责任，即需要提出相反的证据来反驳原告的主张。在这种情况下，被告可以选择申请鉴定，以证明原告提交的材料存在伪造、变造或不符合法律规定等情形。
- 例如，如果原告提交了一份合同作为证据，但被告认为该合同上的签名是伪造的，那么被告可以申请对签名进行笔迹鉴定，以证明其主张。
原告也可能需要申请鉴定的情形：
- 虽然被告申请鉴定的情况较为常见，但在某些情况下，原告也可能需要申请鉴定。例如，如果原告提交的材料本身存在瑕疵或需要进一步证明其真实性、合法性或关联性，且这些材料对原告的主张至关重要，那么原告可能会选择申请鉴定来增强其证据的证明力。
- 另外，如果被告提出了反证或反驳意见，且这些反证或反驳意见涉及到需要鉴定的事项，原告也可能需要申请鉴定来回应被告的质疑。
法院依职权指定鉴定的情形：
- 在某些特殊情况下，如果案件涉及国家利益、社会公共利益或他人合法权益，或者案件事实真伪不明且双方当事人均未提出鉴定申请，法院可能会依职权指定鉴定机构进行鉴定。这是为了确保案件的公正审理和事实的准确查明。
法律建议：
- 在合同纠纷中，如果对原告提交的书面材料不认可，首先应仔细分析这些材料对案件的影响以及己方的举证责任。如果认为需要申请鉴定来反驳原告的主张或证明己方的观点，应及时向法院提出鉴定申请，并按照规定提交相关材料。
- 同时，也应注意到鉴定申请并非随意提出，而是需要有一定的依据和理由。如果盲目提出鉴定申请，可能会浪费司法资源并影响案件的审理进度。
- 在整个诉讼过程中，应积极配合法院和鉴定机构的工作，提供必要的协助和证据材料，以确保鉴定的顺利进行和结果的准确性。
可能后果：
- 如果被告未能在规定时间内提出鉴定申请或未能提供充分的证据来反驳原告的主张，可能会承担不利的诉讼后果，即法院可能会认定原告提交的材料为真实有效，并据此作出判决。
- 相反，如果被告能够成功申请鉴定并证明原告提交的材料存在瑕疵或不符合法律规定等情形，那么法院可能会对原告的主张不予支持或部分支持，从而维护被告的合法权益。