在合同纠纷中，若鉴定材料有一份被告不认可，法院是否会将其作为鉴定依据，这并非一概而论，而是需根据具体情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 鉴定材料的合法性与关联性：

   • 法院在决定是否将某份材料作为鉴定依据时，首先会审查该材料的合法性和关联性。合法性指的是材料是否依法取得，是否侵犯了他人的合法权益；关联性则指的是材料是否与案件事实直接相关，能否为案件事实的认定提供有效证据。
   • 如果被告不认可的材料在合法性和关联性上均存在问题，那么法院很可能会排除该材料，不将其作为鉴定依据。

2. 被告的异议与举证责任：

   • 被告对鉴定材料提出异议时，需要承担一定的举证责任，即提供证据证明该材料存在合法性或关联性问题。
   • 如果被告仅凭口头否认而不提供任何证据支持其异议，那么法院可能不会轻易采纳其意见，仍会将该材料作为鉴定依据（当然，这也要结合其他证据和案件事实来综合判断）。

3. 法院的审查与判断：

   • 法院在收到鉴定申请和鉴定材料后，会进行严格的审查。这包括对材料的真实性、合法性、关联性以及鉴定机构的资质、鉴定程序的合法性等方面进行全面评估。
   • 如果法院认为被告不认可的材料在审查中未发现明显问题，且该材料对案件事实的认定具有关键作用，那么法院很可能会决定将其作为鉴定依据。

4. 可能的法律后果：

   • 如果法院最终决定将被告不认可的材料作为鉴定依据，并据此作出了对被告不利的判决，那么被告在上诉或申请再审时，可以针对该鉴定材料的合法性和关联性提出异议，并请求法院重新审查。
   • 但需要注意的是，被告在提出异议时，必须提供充分的证据支持其观点，否则法院可能不会采纳其异议。

建议：

• 对于被告而言，如果其对某份鉴定材料存在异议，应及时向法院提出，并尽可能提供充分的证据支持其异议。同时，被告也可以考虑申请重新鉴定或补充鉴定，以维护自己的合法权益。
• 对于原告而言，应确保提供的鉴定材料在合法性和关联性上均无问题，并积极配合法院的审查工作。如果被告对鉴定材料提出异议，原告也应及时回应并提供反驳证据。

在处理合同纠纷中的鉴定材料问题时，法院会综合考虑多种因素来作出判断。因此，如果您或您的客户面临类似问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。