政府行政部门在民事合同中一般不可以约定仲裁条款，但需分情况讨论。以下是对这一问题的详细分析：
一、行政协议与民事合同的区别
行政协议是行政机关为实现行政管理或公共服务目标，与公民、法人或其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。其本质特征在于行政性和公法性，即行政机关在协议中行使行政管理职权并履行公共服务职责。而民事合同则是平等主体之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议，其本质特征在于平等性和私法性。
二、法律对行政协议争议解决的规定
仲裁法的适用范围：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》，仲裁适用于平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷。然而，该法明确排除了依法应当由行政机关处理的行政争议，因此行政协议纠纷不属于仲裁受理范围。
行政协议争议的法定解决途径：
- 我国相关法律规定，行政争议应当通过行政复议、行政诉讼等法定途径解决。这些途径能够更有效地保障行政相对人的合法权益，并监督行政机关依法行使职权。
司法解释的明确规定：
- 根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二十六条，行政协议约定仲裁条款的，人民法院应当确认该条款无效，但法律、行政法规或者我国缔结、参加的国际条约另有规定的除外。
三、特殊情况下的处理
尽管一般情况下行政协议（包括政府行政部门作为一方签订的协议）不能约定仲裁条款，但在某些特殊情况下可能存在例外：
法律、法规明确规定：
- 如果法律、法规明确规定行政协议可以约定仲裁条款，并且符合法定程序，那么双方可以在协商一致的基础上约定仲裁条款。然而，这种情况较为罕见，且必须有明确的法律依据和程序保障。
历史遗留问题：
- 对于2015年5月1日以前订立的类似行政协议案件，由于当时法律法规并未明确行政协议的法律适用问题，当事人可能通过民事诉讼或商事仲裁的渠道解决纠纷。如果协议中明确约定了仲裁条款，并且符合《仲裁法》的相关规定，那么在某些情况下该仲裁条款可能被视为有效。但这一特殊处理方式并不适用于之后订立的行政协议。
四、法律建议
明确争议解决方式：
- 在签订行政协议时，双方应明确争议解决方式，并严格遵守相关法律法规的规定。如果希望约定仲裁条款，务必确保有明确的法律依据和程序保障。
避免无效条款：
- 避免在行政协议中约定无效的仲裁条款，以免因违反法律规定而导致条款无效，进而影响争议的解决效率和效果。
寻求专业法律帮助：
- 如果对行政协议的争议解决方式有疑问或需要进一步的法律帮助，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。
综上所述，政府行政部门在民事合同（实际为行政协议）中一般不可以约定仲裁条款，除非有法律、行政法规或者我国缔结、参加的国际条约另有规定。在签订行政协议时，双方应明确争议解决方式，并严格遵守相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。