行政合同一般不能约定仲裁，但在特定情形下可以就该部分争议申请仲裁。以下是对这一问题的详细分析：
一、行政合同通常不能通过仲裁解决
行政合同的定义与特点：
- 行政合同是行政机关为实现公共利益或行政管理目标，在法定职责范围内与公民、法人或其他组织协商订立的协议。
- 它具有显著的行政属性，合同双方当事人的法律地位不完全平等，行政机关享有行政优益权，如监督、指挥权及单方变更、解除合同等权力。
仲裁的适用范围：
- 仲裁主要适用于平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷。
- 由于行政合同双方主体地位的不平等性，以及行政机关所享有的特殊权力，行政合同通常不符合仲裁适用的条件。根据《中华人民共和国仲裁法》及相关司法解释，行政争议不属于仲裁受理范围，行政合同约定仲裁条款的，人民法院应当确认该条款无效，但法律、行政法规或者我国缔结、参加的国际条约另有规定的除外。
二、特定情形下行政合同可以通过仲裁解决
尽管行政合同通常不适用仲裁，但在某些特定情形下，如果合同中涉及的争议内容属于平等主体之间的民事权利义务关系，并且双方在合同中明确约定了仲裁条款，那么就该部分争议可以按照约定申请仲裁。例如：
- 在政府与社会资本合作（PPP）项目合同中，可能会针对某些不涉及行政权力行使的事项（如工程价款结算等）约定通过仲裁方式解决纠纷。
- 在这种情况下，当事人可以依据合同中的仲裁条款向约定的仲裁机构申请仲裁。
三、行政合同纠纷的其他解决途径
对于行政合同纠纷，除了可能的仲裁方式外，当事人还可以通过以下途径来解决：
行政复议：
- 向行政机关的上一级机关或法定的复议机关提出复议申请，请求对原行政行为进行审查并作出决定。
行政诉讼：
- 向人民法院提起行政诉讼，由法院对行政合同的合法性及履行情况进行审理和判决。这是解决行政合同纠纷的主要途径，能够更有效地保障行政相对人的合法权益，并监督行政机关依法行使职权。
四、实际操作建议
明确争议解决方式：
- 在签订行政合同时，双方应明确争议解决方式，并严格遵守相关法律法规的规定。如果希望约定仲裁条款，务必确保有明确的法律依据和程序保障，以避免因违反法律规定而导致条款无效。
咨询专业意见：
- 由于行政合同纠纷的解决方式具有特殊性，当事人在遇到相关问题时，应向我咨询，以确保自身权益得到有效维护。
注意仲裁条款的有效性：
- 如果行政合同中约定了仲裁条款，当事人应确保该条款符合《中华人民共和国仲裁法》及相关司法解释的规定，否则可能面临仲裁条款无效的风险。
总结来说，行政合同纠纷的解决方式需根据合同的具体内容和性质来判断。在大多数情况下，由于行政合同的行政属性和双方主体地位的不平等性，仲裁并非适用的解决方式。然而，在特定情形下（如合同中有明确的仲裁条款且争议内容属于平等主体之间的民事权利义务关系），当事人可以依据约定申请仲裁。无论何种情况，当事人在遇到行政合同纠纷时，都应谨慎处理，并寻求专业法律意见以确保自身权益得到有效维护。