政府合同在特定条件下可以约定仲裁，但需根据合同性质及具体条款谨慎判断。以下是对此问题的详细分析：
一、政府合同的性质与仲裁的适用性
政府合同的双重属性：
- 政府合同，尤其是行政合同，既具有民事合同的属性（如双方当事人的合意、等价有偿等），又具有行政合同的属性（如行政机关的行政优益权、合同目的的公共利益性等）。
- 这种双重属性使得政府合同在纠纷解决方式上具有特殊性，不能简单地套用民事合同的纠纷解决机制。
仲裁的适用范围：
- 仲裁主要适用于平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷。
- 对于政府合同中的民事争议部分，如果双方当事人自愿达成仲裁协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，理论上可以通过仲裁方式解决。
二、政府合同约定仲裁的实践限制与争议
行政优益权的行使：
- 行政机关在政府合同中享有行政优益权，如监督权、指挥权、单方变更或解除权等。这些权力的行使可能涉及公共利益，因此不宜完全由双方当事人通过仲裁来决定。
- 例如，行政机关因公共利益需要单方变更或解除政府合同时，如果允许通过仲裁来解决纠纷，可能会损害公共利益或影响行政效率。
仲裁机构的专业性与能力：
- 仲裁机构作为民间组织，其裁决主要依据双方当事人的约定和法律规定。然而，政府合同往往涉及复杂的行政法律关系和政策考量，仲裁机构可能缺乏处理此类纠纷的专业能力和经验。
- 这可能导致仲裁裁决在合法性、合理性或可行性方面存在争议。
司法审查的必要性：
- 政府合同作为行政行为的一种形式，其合法性和有效性最终需要通过司法审查来确认。如果允许通过仲裁来解决政府合同纠纷，可能会削弱司法对行政行为的监督作用。
- 特别是在涉及行政行为合法性审查的案件中，仲裁机构可能无法提供与法院相同的司法审查力度和公正性。
三、政府合同约定仲裁的特定情形与注意事项
特定情形下的仲裁约定：
- 在某些特定情形下，如政府合同中的民事争议部分不涉及行政权力的行使或公共利益的保护时，双方当事人可以自愿达成仲裁协议并约定通过仲裁方式解决纠纷。
- 例如，在政府采购合同中，针对工程价款结算等不涉及行政权力行使的事项，双方可以约定通过仲裁方式解决争议。
仲裁协议的有效性与内容：
- 双方达成的仲裁协议必须包含请求仲裁的意思表示、明确的仲裁事项以及选定的仲裁委员会。这些要素缺一不可，否则仲裁协议可能无效。
- 仲裁协议应明确表达双方愿意将因政府合同的订立、履行、变更、解除等产生的所有争议提交仲裁解决的意愿。
排除诉讼管辖与行政救济途径的保留：
- 一旦政府合同中约定了有效的仲裁条款，就排除了法院的管辖。发生纠纷后，当事人应按照仲裁协议向约定的仲裁委员会申请仲裁，而不能向法院起诉（除非仲裁协议无效）。
- 同时，在涉及行政行为的合法性审查等特定情况下，当事人可能仍需通过行政诉讼或行政复议等行政救济途径来维护自身权益。
四、结论与建议
结论：
- 政府合同在特定条件下可以约定仲裁，但需根据合同性质及具体条款谨慎判断。对于涉及行政权力行使或公共利益保护的争议部分，通常不宜通过仲裁方式解决。
建议：
- 在签订政府合同时，双方当事人应充分考虑合同的性质、争议解决方式的选择以及可能存在的法律风险。
- 如果希望约定仲裁作为纠纷解决方式，应确保仲裁协议的有效性和符合相关法律法规的要求，并充分考虑仲裁机构的专业性和能力以及司法审查的必要性。
- 在遇到政府合同纠纷时，建议及时咨询专业律师以获取针对性的法律建议和帮助。