针对您提出的“员工怀孕不上报公司应该怎么处理”的问题，这实际上涉及到了女职工劳动权益保护以及用人单位知情权边界的法律问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，女职工怀孕是其个人隐私，也是女性公民的基本权利，并不属于劳动者必须如实向用人单位说明的内容。因此，女职工没有义务在入职时或怀孕后主动告知公司其怀孕情况。

进一步地，人力资源社会保障部、司法部、全国总工会、全国妇联等九部门联合下发的《关于进一步规范招聘行为促进妇女就业的通知》也明确要求，各类用人单位不得询问妇女婚育情况，不得将妊娠测试作为入职体检项目，不得将限制生育作为录用条件，不得差别化地提高对妇女的录用标准。这一规定进一步强调了女职工在婚育方面的隐私权和自主权。

然而，也存在一些特殊情况。如果用人单位招聘的岗位确实不适合怀孕女职工（如第三级体力劳动、有毒或有放射性物质场所作业、高空作业、冷水作业、低温作业等），且在招聘时不是基于性别歧视等原因，明确告知了岗位特殊性及不适合怀孕女职工的岗位要求，那么应聘者应如实告知是否怀孕。如果在此情形下应聘者未告知真实情况，可能会面临法律风险，因为这可能涉及到对用人单位的欺诈行为。

但回到您提出的问题，如果女职工已经入职且未告知公司其怀孕情况，公司应该如何处理呢？公司不应因此解除劳动合同或采取其他不利措施。因为女职工怀孕并不影响其履行劳动合同的能力，且公司无权因女职工怀孕而解除劳动合同。如果公司因此解除劳动合同，将可能面临法律责任，如支付违法解除劳动合同赔偿金等。

相反，公司应该给予怀孕女职工必要的关怀和支持，如根据医疗机构的证明减轻其劳动量、安排其他能够适应的劳动、不延长其劳动时间或安排夜班劳动等。同时，公司也应确保怀孕女职工的工资待遇和劳动条件不受影响，不得因女职工怀孕而降低其工资和福利待遇或限制其晋职、晋级、评聘专业技术职称和职务。

综上所述，对于员工怀孕不上报公司的情况，公司应尊重女职工的隐私权和自主权，不得因此解除劳动合同或采取其他不利措施。相反，公司应给予怀孕女职工必要的关怀和支持，确保其劳动权益得到充分保障。