针对您提出的“员工怀孕直接不来公司怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，面对员工怀孕后直接不来公司的情况，企业应当采取一系列措施来妥善处理：

1. 明确规章制度：

   • 企业需要查看内部合法有效的规章制度，确认是否对员工请假、旷工等情形有明确规定。
   • 如果员工未经请假擅自不上班，企业应按照规章制度进行处理，但需注意程序合法，如进行书面通知并给予员工申诉机会。

2. 沟通协商：

   • 企业应主动与该员工联系，了解其不上班的具体原因和打算。
   • 若员工因身体不适需请假，企业应告知其按企业请假流程办理，并提供相应的医院诊断证明等材料。同时，说明请假期限及工资待遇等相关事宜。

3. 关注权益保障：

   • 根据法律规定，女职工在孕期享有一定的权益保护。企业不得因女职工怀孕而解除劳动合同，需保障其合法权益。
   • 如果原岗位对孕妇有危害，企业应与员工协商，调整到合适的工作岗位。

4. 做好工作安排：

   • 因员工不上班导致工作受影响，企业应及时进行内部协调，合理分配工作任务，或临时招聘人员填补岗位空缺，以确保企业正常运转。
   • 在处理过程中，企业应注意保留相关证据，以备可能出现的劳动纠纷之需。

此外，关于“怀孕的员工不来上班可以辞退吗”的问题，需要明确的是：

• 一般情况下，企业不得因女职工怀孕而解除劳动合同。这是法律对女职工的特殊保护。
• 但是，如果怀孕女工严重违法违规，如长期旷工、开具假病假条等，且这些行为达到一定严重程度，企业可以根据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同，且不需要支付赔偿金。

最后，我想强调的是，怀孕是女性生命中的特殊生理阶段，企业应给予理解和支持。在处理此类问题时，企业应秉持合法、合规、人性化的原则，确保员工的合法权益得到保障，同时维护企业的正常运转。