针对您提出的“员工上班两个月就怀孕，公司应该如何处理比较好”的问题，这确实是一个涉及员工权益保护和公司管理策略的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、法律层面：尊重并保护女职工的合法权益

根据《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在孕期、产期、哺乳期等特殊时期享有特殊的法律保护。这包括但不限于：

1. 产检时间计入劳动时间：怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间应计入劳动时间，不能算作请假，更不能扣工资。

2. 不得因怀孕降低工资或解除合同：用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退或解除劳动合同。

3. 特殊保护措施：如孕7个月以上的女职工，不得延长劳动时间或安排夜班，劳动时间内应安排休息；不能适应原劳动的，可凭医疗机构证明要求减轻工作量或调岗。

二、公司管理策略：合理调整与人文关怀并重

1. 合理调整工作安排：

   • 对于新怀孕的员工，公司可以与其进行沟通，了解其身体状况和工作需求，合理调整其工作任务和强度，确保其在孕期能够保持健康的工作状态。
   • 如果员工因怀孕需要减轻工作量或调岗，公司应积极配合，提供必要的支持和帮助。

2. 提供必要的便利和支持：

   • 公司可以为怀孕员工提供更加舒适的工作环境，如调整工位、提供必要的办公设施等。
   • 在员工进行产检时，公司应给予必要的便利，如安排灵活的工作时间或提供交通补贴等。

3. 加强人文关怀：

   • 公司可以通过组织孕期健康讲座、提供心理咨询等方式，加强对怀孕员工的关怀和支持。
   • 鼓励员工之间互相理解和帮助，营造一个和谐、包容的工作氛围。

三、沟通与协商：建立和谐的劳动关系

1. 及时沟通：公司应与怀孕员工保持及时的沟通，了解其需求和困难，共同寻找解决方案。
2. 协商解决：在涉及工作调整、薪资变动等问题时，公司应与员工进行协商，达成共识后再实施。

四、案例借鉴与预防侵权

1. 案例借鉴：公司可以借鉴相关法律案例，了解在处理怀孕员工问题时的法律风险和注意事项，避免类似纠纷的发生。
2. 预防侵权：公司应加强对员工权益的保护意识，建立健全相关制度，确保在处理怀孕员工问题时符合法律法规要求。

五、总结与建议

对于上班两个月就怀孕的员工，公司应秉持尊重、理解和支持的态度，合理调整其工作安排，提供必要的便利和支持，并加强人文关怀。同时，公司应与员工保持及时的沟通，共同协商解决问题，建立和谐的劳动关系。最重要的是，公司应严格遵守相关法律法规，确保在处理怀孕员工问题时不侵犯其合法权益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。