针对您提出的“员工怀孕不上班了该怎么办理”的问题，这实际上涉及到孕期女职工的劳动保护和权益保障。以下是根据相关法律法规和常见实践，为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，孕期女职工享有特殊的劳动保护权益，用人单位应当根据相关法律法规，对孕期女职工给予适当的照顾和保护。

一、孕期女职工的劳动保护权益

1. 不安排禁忌劳动：用人单位不得安排孕期女职工从事国家规定的孕期禁忌从事的劳动，如高处作业、低温作业、冷水作业等。

2. 减轻劳动量或调整岗位：如果孕期女职工不能适应原安排的劳动，用人单位应当根据医疗机构的诊断证明，减轻其劳动量或者安排其他能够适应的劳动。

3. 产前检查时间计入劳动时间：孕期女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间应当计入劳动时间，用人单位不得因此扣减工资或视为缺勤。

4. 休息时间保障：对于怀孕不满3个月且妊娠反应剧烈的女职工，以及怀孕7个月以上的女职工，用人单位应当在劳动时间内安排一定的休息时间，确保她们得到充分的休息。

二、员工怀孕不上班的处理方式

1. 协商离岗休息：如果孕期女职工上班确实存在困难，可以与用人单位协商离岗休息。在协商过程中，双方可以就休息期限、工资待遇、社保缴纳等事项进行明确约定，并签订书面协议。

2. 享受产假待遇：如果孕期女职工符合享受产假的条件（如达到法定产假天数），她可以依法享受产假待遇。在产假期间，用人单位应当按照国家规定支付产假工资，并为其缴纳社会保险费。

3. 不得解除劳动合同：根据相关法律法规，用人单位不得因女职工怀孕、产假、哺乳等情形而降低其工资、福利待遇，限制其晋职、晋级、评聘专业技术职称和职务，或者辞退女职工、单方解除劳动合同。因此，在孕期女职工未违反法律法规或公司规章制度的情况下，用人单位不得随意解除其劳动合同。

三、建议与注意事项

1. 加强沟通：用人单位应当与孕期女职工保持密切沟通，了解她们的身体状况和需求，及时提供必要的帮助和支持。

2. 完善制度：用人单位应当建立健全孕期女职工劳动保护制度，明确相关权益和义务，确保孕期女职工的合法权益得到有效保障。

3. 依法处理：在处理孕期女职工相关事宜时，用人单位应当严格遵守相关法律法规和规章制度，确保处理过程合法合规。

综上所述，对于员工怀孕不上班的情况，用人单位应当根据相关法律法规和实际情况，与孕期女职工进行协商处理，确保她们的合法权益得到有效保障。同时，用人单位也应当加强内部管理，完善相关制度，为孕期女职工提供更好的工作环境和条件。