针对员工怀孕后长时间请假不上班的情况，公司需要采取一系列合法、合理且人性化的措施来妥善处理。以下是我为您提供的详细解答：
一、初步沟通与核实情况
主动联系员工：
- 公司应首先通过电话、邮件或面对面沟通的方式，温和且关切地询问员工不上班的具体原因及身体状况。
- 表达公司对员工的关心和支持，让员工感受到公司的温暖与理解。
核实请假信息：
- 要求员工提供医院出具的诊断书、病假条或其他相关医疗证明，以确认其请假需求的合理性。
- 这一步骤对于后续处理至关重要，确保公司基于真实情况做出决策。
二、遵循法律法规与公司制度
病假处理：
- 若员工提供了正规医院开具的病假条，并符合公司病假申请流程，公司应依法按病假处理。
- 根据相关规定，病假工资或疾病救济费不得低于当地最低工资标准的80%，确保员工在病假期间的基本生活需求。
- 同时，明确员工享有的病假期限，如长期休病假超过规定期限，需进一步与员工沟通协商。
产假安排：
- 了解并准确告知员工关于产假的政策，包括产假天数、难产或多胞胎生育的额外产假天数等。
- 确保员工知晓产假申请所需的材料和流程，如填写申请表、提供预产期证明等，以便员工顺利申请产假。
旷工管理：
- 若员工无正当理由且未履行请假手续而一直不上班，公司可认定为旷工。
- 在处理旷工时，务必严格遵循公司规章制度和法律法规，确保有充分证据证明旷工事实，并已履行必要的通知程序。
三、协商解决方案
灵活工作安排：
- 考虑员工身体状况，公司可与员工协商灵活工作安排，如远程办公、调整工作时间等。
- 双方应签订相关协议，明确工作细节、工作时间、工作地点等，以确保工作正常进行且员工权益得到保障。
职业发展规划调整：
- 根据员工身体状况和工作能力，共同探讨职业发展规划的调整。
- 如暂时调整工作岗位至强度较低、压力较小的岗位，并确保薪酬待遇合理公平，以激发员工的工作积极性。
四、寻求专业法律支持与预防措施
咨询专业劳动法律师：
- 在处理过程中，如遇复杂情况或难以抉择的问题，公司应咨询专业劳动法律师。
- 获取更具针对性的建议和指导，以确保处理方式的合法性和合理性。
完善公司制度与预防措施：
- 公司应完善相关规章制度，明确员工请假流程、病假与产假政策、旷工处理等。
- 加强员工培训，提高员工对请假政策的认知度，减少因误解或不知情而导致的请假问题。
- 同时，建立有效的沟通机制，及时了解员工需求与困难，提前预防类似问题的发生。
综上所述，对于员工怀孕后长时间请假不上班的情况，公司应综合考虑法律法规、公司制度以及员工实际情况，通过沟通、协商和必要时的法律支持来妥善处理。这样既能维护公司的正常运营秩序，又能保障员工的合法权益，实现公司与员工的共赢。