针对员工孕期不能正常上班的情况，这是一个涉及法律法规、公司制度以及员工个人权益的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答，希望能帮助您妥善处理此类情况。
一、初步沟通与核实情况
首先，公司应主动与员工取得联系，通过温和关切的方式询问其不上班的具体原因及身体状况。这一步骤至关重要，它体现了公司对员工的关心和支持，同时也有助于后续处理的针对性和有效性。在沟通过程中，公司可以要求员工提供医院诊断书、病假条等必要证明材料，以确认其请假需求的合理性。
二、根据具体情况采取相应措施
病假处理：
- 如果员工提供了正规医院开具的病假条，并符合公司病假申请流程，公司应依法按病假处理。根据相关规定，病假工资或疾病救济费不得低于当地最低工资标准的80%。
- 公司需要明确员工享有的病假期限，如果员工长期休病假超过规定期限，公司应进一步与员工沟通协商，了解其身体恢复情况及后续工作计划。
产假安排：
- 女职工生育享受至少98天产假，难产或多胞胎生育可增加产假天数。各地还可能有额外的奖励政策，公司应准确了解并告知员工。
- 公司应确保员工知晓产假申请所需的材料和流程，如填写申请表、提供预产期证明等，以便员工能够顺利申请产假。
旷工管理（如适用）：
- 如果员工无正当理由且未履行请假手续而一直不上班，公司可认定为旷工。但在处理旷工时，公司必须严格遵循公司规章制度和法律法规，确保有充分证据证明旷工事实，并已履行必要的通知程序。
三、协商灵活解决方案
灵活工作安排：
- 考虑到员工孕期的身体状况，公司可以与员工协商灵活工作安排，如远程办公、调整工作时间等，以满足员工需求并保证工作正常进行。双方应签订相关协议明确细节，确保双方权益得到保障。
职业发展规划调整：
- 根据员工身体状况和工作能力，公司可以与员工共同探讨职业发展规划的调整。例如，暂时调整工作岗位至强度较低、压力较小的岗位，并确保薪酬待遇合理公平。这既有利于员工的身体健康，也能保持员工的工作积极性和忠诚度。
四、加强内部沟通与管理
- 公司应加强内部沟通和管理，及时了解员工的身体状况和需求，为其提供必要的支持和帮助。同时，公司应建立健全相关制度，明确孕期员工的权益和处理流程，确保在处理类似情况时能够有法可依、有章可循。
五、寻求专业法律支持（如需）
- 在处理过程中，如果公司遇到复杂情况或难以抉择的问题，可以咨询专业劳动法律师，获取更具针对性的建议和指导。这有助于确保公司处理方式的合法性和合理性，避免劳动纠纷的发生。
综上所述，对于员工孕期不能正常上班的情况，公司应综合考虑法律法规、公司制度以及员工实际情况，通过沟通、协商和必要时的法律支持来妥善处理此类问题。这样既能维护公司的正常运营秩序，又能保障员工的合法权益和身体健康。