针对您提出的“员工因怀孕反应严重不能来上班该如何处理”的问题，这确实是一个需要细致且人性化处理的情况。根据相关法律法规，特别是针对孕期女职工的劳动保护规定，以下是一些建议的处理步骤：

首先，确认员工的怀孕情况及反应程度：

• 要求员工提供医疗机构的诊断证明，以确认其怀孕情况及妊娠反应的严重程度。

接着，根据诊断证明调整工作安排：

• 如果员工怀孕不满3个月且妊娠反应严重，根据《辽宁省女职工劳动保护办法》等相关规定，您不得延长其劳动时间或者安排其从事夜班劳动，并在每日劳动时间内安排不少于1小时的休息时间。
• 如果员工确实不能适应原岗位的工作，您应当根据医疗机构的诊断证明，减轻其劳动量或者安排其他能够适应的岗位。

然后，考虑员工的特殊需求：

• 如果员工因妊娠反应严重，上班确有困难，并提出了离岗休息的申请，您可以与员工进行协商，根据公司的实际情况和员工的健康状况，给予适当的离岗休息时间。
• 在此期间，您可以与员工协商确定其工资待遇等事宜，确保员工的合法权益得到保障。

此外，加强沟通与关怀：

• 与员工保持密切沟通，了解其身体状况和需求，及时提供必要的帮助和支持。
• 可以考虑为员工提供一些孕期保健、心理疏导等方面的服务，帮助员工度过这个特殊时期。

最后，遵守相关法律法规：

• 在处理此类情况时，务必严格遵守国家及地方关于女职工劳动保护的相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。
• 如果员工认为其权益受到侵害，有权向相关部门投诉举报，因此您应当确保公司的处理方式合法合规。

综上所述，处理员工因怀孕反应严重不能来上班的情况时，应当以员工的健康为首要考虑，根据医疗机构的诊断证明调整工作安排，加强与员工的沟通与关怀，并严格遵守相关法律法规。希望这些建议能对您有所帮助。