针对您提出的“员工怀孕不能胜任工作怎么处理”的问题，这确实是一个涉及劳动法的重要议题。首先，我要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位是不得以“不能胜任工作”为由解除劳动合同的。
一、法律保护
孕期保护：根据劳动合同法第四十二条，女职工在孕期是受到特殊保护的，用人单位不得依据该法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，即使女职工在孕期因身体原因暂时不能胜任原工作，用人单位也不能直接解除劳动合同。
违法解除的后果：如果用人单位违反规定，以“不能胜任工作”为由解除与孕期女职工的劳动合同，那么这种解除是违法的。根据劳动合同法第四十八条和第八十七条，女职工有权要求用人单位继续履行劳动合同，或者如果劳动合同已经不能继续履行，用人单位需要支付赔偿金，赔偿金的标准是经济补偿标准的两倍。
二、处理建议
沟通协商：如果女职工在孕期确实因身体原因无法胜任原工作，建议首先与用人单位进行沟通协商。双方可以探讨调整工作岗位、减轻工作负担或者提供必要的医疗支持等解决方案。
保留证据：如果用人单位提出解除劳动合同，女职工应要求用人单位出具书面解除通知，并保留好相关证据，如工资单、工作记录、医疗证明等，以备后续维权之需。
寻求法律援助：如果与用人单位协商无果，或者用人单位坚持违法解除劳动合同，女职工可以向当地劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
三、具体案例说明
假设一位女职工在孕期因身体原因无法胜任原工作，用人单位却以此为由提出解除劳动合同。如果该女职工在该单位工作了5年8个月，解除劳动关系前12个月的平均工资是6000元，那么根据法律规定，她可以主张的赔偿金为72000元（6000元/月×6个月×2倍）。
综上所述，对于“员工怀孕不能胜任工作怎么处理”的问题，关键在于理解并运用好劳动法的相关规定，保护孕期女职工的合法权益。如果遇到类似情况，建议女职工及时与用人单位沟通协商，并保留好相关证据，必要时寻求法律援助。