针对您提出的“员工怀孕了不上班了工资怎么发”的问题，这是一个涉及员工权益和公司管理的重要议题。以下是我根据相关法律法规和实际情况，为您提供的详细解答：
一、基本原则
员工怀孕期间，其工资权益受到法律的严格保护。公司不得因员工怀孕而降低或拖欠其工资，这是保障女性员工孕期权益的基本法律要求。
二、具体情况分析
正常出勤情况：
- 如果员工在怀孕期间仍然正常出勤工作，那么公司必须按照正常工资标准发放工资，不得因怀孕而有所降低或变相降低。
病假或保胎假情况：
- 若员工因怀孕身体不适需要休假，并提供了正规医疗机构出具的病假或保胎假证明，公司应当按照病假工资标准支付工资。病假工资通常不得低于当地最低工资标准的一定比例（如80%），具体比例需根据当地规定来确定。
- 如果员工声称是病假但未及时提供有效证明，公司可以先按事假处理，不支付工资；待员工后续补充有效证明后，再按照病假工资标准补发相应期间的工资。
产假期间情况：
- 如果公司已为员工缴纳生育保险，那么产假期间的生育津贴将由生育保险基金支付，支付标准通常为本单位上年度职工月平均工资。
- 如果公司未为员工缴纳生育保险，那么产假期间的工资应由公司按照女职工产假前的工资标准支付。若企业缴纳的生育保险费基数低于女职工上年度平均工资收入，导致生育津贴低于其正常工资，企业应补足差额。
旷工情况：
- 如果员工既没有请假也没有合理的解释就不来上班，这种情况属于旷工。公司有权依据经合法程序制定并公示的规章制度对旷工行为进行处理，通常旷工期间是不支付工资的。若旷工达到一定天数严重违反公司规章制度，公司还有权解除劳动合同且无需支付经济补偿，但前提是公司的规章制度合法有效且有证据证明已向员工公示告知。
三、特殊情况处理
对于因特殊原因（如严重妊娠反应、并发症等）无法工作的怀孕员工，若公司同意其休假，双方应就工资发放问题达成一致意见并签订书面协议。在此情况下，公司可以根据员工的实际情况和公司的政策决定是否发放工资以及发放的标准。
四、建议措施
- 保持沟通：公司应与怀孕员工保持密切沟通，了解其具体情况和需求，以便做出合理的安排。
- 遵守法律：公司应确保严格遵守相关法律法规，保障怀孕员工的合法权益。
- 保留证据：在处理此类问题时，公司应以书面形式与员工沟通并保留好相关证据，如请假条、医疗证明、工资发放记录等，以避免后续可能出现的劳动纠纷。
- 协商解决争议：如果双方对工资发放问题存在争议，建议通过协商或法律途径解决，以维护双方的合法权益。
综上所述，对于怀孕员工不上班的情况，工资的发放应根据具体情况和法律法规来确定。公司应依法行事、与员工保持良好沟通，并确保相关政策的合理性和合法性。希望这些解答能对您有所帮助。