结论前置：法院以一份不在劳动关系存续期间的辞职申请作为依据判决员工主动离职，这一做法通常是不合法的，但具体还需结合实际情况和证据来综合判断。

分析说明

1. 劳动关系存续期间的重要性：

   • 劳动关系存续期间是判断员工是否主动离职的关键时间节点。如果辞职申请是在劳动关系存续期间提出的，并且符合相关法律法规和公司规章制度，那么该申请通常会被视为员工主动离职的有效证据。
   • 如果辞职申请是在劳动关系已经终止或解除之后提出的，那么这份申请就不能作为员工在劳动关系存续期间主动离职的依据。因为此时双方已经不存在劳动关系，员工无需再提出辞职申请。

2. 法院判决的合法性分析：

   • 法院在判决时，应当依据事实和法律进行。如果法院仅凭一份不在劳动关系存续期间的辞职申请就判决员工主动离职，而忽略了其他关键证据和事实，如员工在劳动关系存续期间的工作表现、公司是否违法解除劳动关系等，那么这样的判决可能是不合法的。
   • 另一方面，如果法院在判决时综合考虑了所有相关证据和事实，包括辞职申请的时间、内容、双方的行为等，并且认为这份辞职申请虽然不在劳动关系存续期间，但能够反映员工在劳动关系存续期间的真实意愿或行为，那么法院可能会将其作为辅助证据之一，但通常不会单独作为判决依据。

3. 可能的法律后果：

   • 如果法院的判决被认定为不合法，员工可以通过上诉等法律途径来维护自己的合法权益。在上诉过程中，员工需要提供充分的证据来证明法院的判决存在错误或不当之处。
   • 如果员工认为公司的行为侵犯了自己的合法权益，如违法解除劳动关系等，员工还可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司承担相应的法律责任。

建议与行动

• 对于员工：如果你认为法院的判决不合法或存在错误，建议你及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和可行的法律途径。同时，收集并保留好所有相关证据，如劳动合同、工资单、辞职申请、公司规章制度等，以便在后续的法律程序中使用。
• 对于公司：如果你作为公司方，认为法院的判决有误或员工存在不当行为，也建议你咨询专业律师，了解自己的法律权益和应对策略。同时，加强公司内部管理，完善规章制度，确保员工的离职程序合法合规。

最后，劳动关系和劳动纠纷的处理需要依据事实和法律进行。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。