是否需要回复公司发来的回复函，需结合具体情况判断，但通常建议积极应对，以下为详细分析：

一、从法律程序角度分析

劳动仲裁过程中，公司收到你的仲裁申请后，有权提交答辩状或回复函。这是公司行使法律权利、表达自身立场和意见的方式。你作为申请人，虽然法律并未明确规定必须回复公司的回复函，但为了充分阐述自己的主张、反驳对方的观点，以及推动仲裁程序的顺利进行，回复公司的回复函是有益的。通过回复，你可以针对公司的答辩内容进行有针对性的回应，有助于仲裁庭更全面地了解案件事实，从而作出更公正的裁决。

二、从策略角度分析

1. 若公司回复函中提出了新的证据或观点：你需要仔细审查这些证据和观点，评估它们对你仲裁请求的影响。如果认为有必要，可以在回复函中提出反驳意见，或者申请仲裁庭要求公司提供更多证据或进行进一步说明。
2. 若公司回复函中未提出实质性内容或仅是对你主张的简单否认：你仍可以回复，重申你的仲裁请求和事实依据，强调公司的否认缺乏事实和法律依据。这样做有助于巩固你的立场，并向仲裁庭展示你对案件的认真态度。
3. 若你决定不回复：虽然法律不强制，但可能给仲裁庭留下你不够积极或对案件不够重视的印象。此外，不回复也可能使你错过反驳公司观点、澄清事实的机会，从而影响仲裁结果。

三、实际操作建议

1. 及时审查公司回复函：收到公司的回复函后，应尽快审查其内容，评估其对你仲裁请求的影响。
2. 准备回复材料：根据公司的回复函内容，准备相应的回复材料。这些材料应包括你的反驳意见、事实依据、法律依据等。
3. 提交回复函：在仲裁庭规定的期限内，将回复函提交给仲裁庭。回复函应清晰、准确地表达你的观点和立场，避免使用过于情绪化或攻击性的语言。
4. 保持沟通：在仲裁过程中，保持与仲裁庭和公司的沟通。如果有任何疑问或需要进一步的信息，及时向仲裁庭或公司提出。

最后提醒，劳动仲裁是一个相对正式且严肃的法律程序，涉及你的合法权益。因此，建议你在处理过程中保持谨慎和认真。如果你对如何回复公司的回复函或整个仲裁程序有任何疑问或不确定的地方，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。