在施工央企中，履约保证金应扣未扣的责任归属问题，需根据具体情况来判定，可能涉及多个部门。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同管理部门的责任：

   • 合同管理部门通常负责合同的起草、审核、签订及执行跟踪。若履约保证金应扣未扣是由于合同条款不明确、合同执行跟踪不到位或合同变更未及时处理等原因导致的，那么合同管理部门应承担相应责任。例如，合同中可能明确规定了履约保证金的扣除条件和方式，但合同管理部门未能有效监督执行，导致应扣未扣。

2. 财务部门的责任：

   • 财务部门负责资金的收付、核算和监督。在履约保证金的管理中，财务部门应确保按照合同约定及时、准确地扣除或退还保证金。若因财务部门操作失误、审核不严或未及时与合同管理部门沟通等原因导致应扣未扣，财务部门应承担相应责任。例如，财务部门可能未收到合同管理部门的扣除通知，或收到通知后未及时处理，导致保证金未被扣除。

3. 项目管理部门或施工团队的责任：

   • 项目管理部门或施工团队负责项目的具体实施和管理。若因项目进度延误、质量问题或其他违约行为导致应扣除履约保证金，但项目管理部门或施工团队未及时报告或隐瞒不报，导致应扣未扣，那么项目管理部门或施工团队应承担相应责任。例如，项目团队可能因自身原因导致工程延期，但未向合同管理部门或财务部门报告，导致保证金未被扣除。

4. 跨部门协作与沟通问题：

   • 在实际工作中，履约保证金的管理往往涉及多个部门的协作与沟通。若因部门间信息传递不畅、沟通不及时或协作不紧密等原因导致应扣未扣，那么相关责任应由涉及的所有部门共同承担。例如，合同管理部门可能已发出扣除通知，但财务部门因未收到或未及时处理而未扣除，此时两个部门均应承担一定责任。

法律建议：

• 为避免类似问题的发生，施工央企应建立健全的履约保证金管理制度，明确各部门的职责和权限，加强部门间的协作与沟通。
• 定期对履约保证金的管理情况进行审计和检查，确保合同条款得到有效执行，保证金得到及时、准确的扣除或退还。
• 若发生应扣未扣的情况，应及时查明原因，明确责任部门，并采取相应的补救措施，以减少损失和风险。

可能后果：

• 若因应扣未扣导致公司遭受损失，相关责任部门和人员可能面临内部纪律处分或经济赔偿。
• 在极端情况下，若因应扣未扣导致公司违反法律法规或合同约定，还可能面临外部法律诉讼或行政处罚。

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