未交履约保证金但工程已完工的情况下，是否处罚及如何处罚需结合合同约定、法律规定及实际履行情况综合判断，具体分析如下：

1. 合同约定优先：若合同明确约定未交履约保证金的违约责任
   根据《民法典》第577条，若合同中明确约定“未按时缴纳履约保证金需承担违约金、赔偿损失或解除合同等责任”，则发包方有权依据合同条款主张权利。例如：

   • 要求承包方支付合同约定的违约金（如合同总价款的5%-10%）；
     
   • 扣除工程款中对应金额作为赔偿；
     
   • 若违约情节严重（如拒不补交且影响工程进度），可主张解除合同并要求赔偿实际损失。
     关键点：需证明发包方因未交保证金遭受了实际损失（如融资成本增加、工期延误等），否则违约金可能被法院调减。

2. 合同未约定或约定不明：需结合法律规定与实际履行情况
   若合同未明确约定违约责任，或约定显失公平（如违约金过高），则需根据《民法典》第584条、第585条处理：

   • 实际损失原则：发包方需举证证明其因未交保证金遭受了损失（如因承包方信用不足导致额外担保费用），否则无权主张赔偿；
     
   • 工程验收与结算：若工程已完工且验收合格，发包方通常需支付工程款，但可主张在结算款中扣留部分金额作为“质量保证金”或“风险保证金”（需合同有相关约定或双方协商一致）；
     
   • 行政处罚风险：若项目涉及必须招标的工程或政府投资项目，未交保证金可能违反《招标投标法》或地方性法规，承包方可能面临行政处罚（如罚款、列入不良信用记录），但与工程款支付无直接关联。

3. 实务建议：分情况处理

   • 对发包方：
     
     1. 核查合同条款，优先依据合同主张权利；
        
     2. 若无合同依据，可与承包方协商补充协议，明确保证金补交或抵扣方案；
        
     3. 保留因未交保证金导致的损失证据（如融资合同、担保费用发票等），以备诉讼或仲裁使用。
        
   • 对承包方：
     
     1. 主动与发包方沟通，说明未交保证金的原因（如资金周转困难），争取谅解；
        
     2. 提出替代方案（如提供银行保函、第三方担保等），降低发包方风险；
        
     3. 若发包方无合理理由扣款，可依据《民法典》第807条主张工程款优先受偿权。

总结：未交履约保证金不直接导致工程款扣减，但可能引发违约责任或结算纠纷。建议双方优先协商，若协商不成，需结合合同条款与法律规定，通过诉讼或仲裁解决。如有具体合同或纠纷细节，可进一步提供材料以便精准分析。