未缴纳工程履约保证金的处理需结合合同约定、法律规定及实际履行情况综合判断，具体处理方式如下：

1. 合同有明确约定时的处理
   若合同中明确约定了履约保证金的缴纳义务（如金额、缴纳时间、方式等），且承包方未按约定缴纳，则发包方有权依据合同条款主张权利。常见处理方式包括：

   • 催告缴纳：发包方可书面催告承包方在合理期限内缴纳保证金，并明确逾期缴纳的违约责任（如支付违约金、解除合同等）。
     
   • 行使合同解除权：若合同约定“未缴纳保证金视为根本违约，发包方有权解除合同”，且承包方经催告后仍不缴纳，发包方可依法解除合同，并要求承包方赔偿损失（如重新招标费用、工期延误损失等）。
     
   • 扣减工程款：若合同允许，发包方可直接从应付工程款中扣除等额款项作为保证金，但需注意保留书面通知承包方的证据，避免纠纷。
     

2. 合同未明确约定时的处理
   若合同未约定履约保证金条款，或约定不明，则需根据《民法典》及相关司法解释处理：

   • 发包方无权强制要求缴纳：履约保证金属于双方自愿约定的担保方式，非法定强制义务。若合同未约定，发包方单方要求承包方缴纳可能缺乏法律依据，承包方有权拒绝。
     
   • 可协商补充约定：双方可通过协商签订补充协议，明确保证金条款（如金额、缴纳时间、退还条件等），但需注意补充协议需双方签字盖章方生效。
     
   • 发包方可通过其他方式担保：若发包方担心承包方履约能力，可要求承包方提供其他担保方式（如银行保函、第三方担保等），但需双方协商一致。
     

3. 实际履行中的特殊情况处理

   • 承包方部分缴纳或分期缴纳：若合同允许分期缴纳，但承包方未按期缴纳后续款项，发包方可按合同约定主张违约责任（如收取滞纳金、暂停支付工程款等）。
     
   • 发包方未按约退还保证金：若承包方已缴纳保证金，但发包方未按合同约定退还（如工程验收合格后未退还），承包方可要求发包方立即退还，并支付逾期利息或违约金。
     
   • 保证金被挪用或扣减争议：若发包方无正当理由扣减保证金（如以工程质量问题为由扣减，但实际质量问题不成立），承包方可要求发包方返还被扣款项，并赔偿损失。
     

建议：

• 双方应严格依据合同约定处理保证金问题，避免单方擅自变更或解除合同。
  
• 若发生纠纷，建议先通过协商、调解解决；协商不成，可依据合同约定或法律规定向法院起诉或申请仲裁。
  
• 如有具体合同条款或纠纷细节，可直接向我咨询，我会结合实际情况提供更详细的法律意见。