结论：未签订正式的建设工程施工合同，履约保证金是否应扣除，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同成立与履约保证金的关系
合同成立要件：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同成立一般需要具备要约和承诺两个阶段，且双方意思表示一致。未签订正式的建设工程施工合同，可能意味着合同尚未正式成立，但这并不绝对，因为双方可能已通过其他形式（如口头协议、电子邮件、传真等）达成了合意。
履约保证金的性质：
- 履约保证金是承包方为保证合同履行而向发包方缴纳的一定金额的钱款或提供的其他形式的担保。其目的在于确保承包方能够按照合同约定履行义务，如完成工程、保证工程质量等。
二、未签订正式合同下履约保证金的处理
双方有明确约定：
- 如果双方虽未签订正式合同，但已就履约保证金的缴纳、扣除条件等事项达成了明确约定（如通过补充协议、会议纪要等形式），则应按照约定执行。若承包方违约，发包方有权根据约定扣除履约保证金。
双方无明确约定：
- 如果双方未就履约保证金的扣除条件等事项达成明确约定，则发包方扣除履约保证金可能缺乏法律依据。此时，发包方应谨慎行事，避免擅自扣除履约保证金而引发纠纷。
- 在这种情况下，如果发包方认为承包方存在违约行为，应首先与承包方进行协商，寻求和解或达成补充协议。如果协商无果，发包方可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。
三、法律建议与风险提示
法律建议：
- 对于发包方而言，在未签订正式合同前，应尽量避免收取履约保证金，或明确约定履约保证金的缴纳、扣除条件等事项，以降低法律风险。
- 对于承包方而言，在缴纳履约保证金前，应仔细审查合同条款（包括补充协议等），确保自身权益得到充分保障。如果合同条款存在模糊或不利条款，应及时与发包方进行沟通协商。
风险提示：
- 未签订正式合同可能导致双方权利义务不明确，增加纠纷风险。因此，建议双方在签订正式合同前，就合同的主要条款（包括履约保证金的缴纳、扣除条件等）进行充分协商并达成一致意见。
- 如果双方已就履约保证金的扣除等事项达成了明确约定，但承包方认为发包方扣除履约保证金的行为存在违法或不当之处，承包方有权通过法律途径维护自身权益。
总结：未签订正式的建设工程施工合同，履约保证金是否应扣除需根据双方是否有明确约定以及具体情况来判断。建议双方在签订合同前就相关事项进行充分协商并达成一致意见，以降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。