工程保证金能否在合同款里扣除，取决于具体的合同约定及相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：

1. 工程质量保证金与合同款项的关系：

   • 工程质量保证金是发包人与承包人在建设工程施工合同中约定，从应付的工程款中预留的资金，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修。
   • 合同款项是合同中明确约定的一方当事人应向另一方当事人支付的款项，包括工程款。工程质量保证金作为工程款的一部分，其支付、返还及扣除均需严格遵循合同约定及相关法律法规。

2. 质量保证金的扣除情况：

   • 在缺陷责任期内，若建设工程出现质量缺陷，且承包人未按照合同约定进行维修，发包人有权动用质保金进行维修，相关费用将从质保金中扣除。
   • 若因承包人的原因导致工程无法按时完成或存在其他违约行为，且合同中有相关约定，发包人也可能有权从质保金中扣除相应的违约金或损失赔偿。

3. 质量保证金的返还：

   • 缺陷责任期满，且工程质量符合要求，承包人有权向发包人申请返还质保金。
   • 发包人应在接到承包人返还保证金申请后，按照合同约定的时间进行核实，并如无异议，将保证金返还给承包人。

4. 法律依据：

   • 《建设工程质量管理条例》等相关法律法规对工程质量保证金和合同款项的约定、支付、返还及扣除等事项进行了明确规定。

综上所述，工程保证金能否在合同款里扣除，需要具体看合同中的约定以及相关法律法规的规定。在签订合同时，双方应明确质保金的扣留、返还及扣除条件，以避免后续产生纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。