建设施工合同履约保证金是否可以从进度款抵扣，需分情况讨论，具体如下：

1. 合同有明确约定时
   若合同中明确约定“履约保证金可从进度款中抵扣”，则双方应按约定执行。例如，合同可能规定“当承包人未按时完成某阶段工程时，发包人有权直接从当期进度款中扣除相应比例的保证金作为违约金”。此时，抵扣行为具有合同依据，双方均需遵守。

2. 合同无明确约定时
   若合同未约定抵扣条款，则需结合以下因素判断：

   • 保证金性质：履约保证金通常用于担保承包人履行合同义务（如质量、工期等）。若承包人存在违约行为（如工程不合格、延误工期），发包人可依据《民法典》第五百八十七条主张违约金或赔偿，但直接抵扣进度款需双方协商一致，否则可能构成单方变更合同，侵犯承包人权益。
     
   • 进度款性质：进度款是发包人按工程进度支付的合同价款，属于承包人应得收入。未经承包人同意，发包人无权单方扣减，否则可能引发拖欠工程款纠纷。
     
   • 协商与书面确认：若双方希望抵扣，应签订补充协议明确抵扣条件、金额及程序，避免后续争议。

3. 实务建议

   • 发包人：在合同中明确约定抵扣条款（如违约情形、抵扣比例、程序等），并保留承包人违约的书面证据（如监理报告、整改通知等），确保抵扣行为合法有据。
     
   • 承包人：若发包人提出抵扣，应要求其出具书面通知，并核对是否符合合同约定。若认为抵扣不合理，可依据《民法典》第五百七十七条主张继续履行合同或赔偿损失。
     

总结：履约保证金能否从进度款抵扣，关键在于合同约定。无约定时，需双方协商一致并签订补充协议。建议双方在合同中提前明确规则，以降低履约风险。如有具体合同条款或纠纷场景，可进一步向我咨询。