关于“保证金合同解除后能扣除吗”这个问题，并不能一概而论，需要具体情况具体分析。以下是我根据不同情形给出的详细解答：
合同有明确约定：
- 如果合同中明确规定了合同解除后保证金的处理方式，那么应当按照合同约定的条款来执行。比如，合同可能规定在特定条件下解除合同时，保证金可以扣除或不予退还。这种情况下，只要合同内容合法有效，就应当遵循合同约定。
合同无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定合同解除后保证金的处理方式，那么通常应当将保证金返还给支付方。但是，如果一方违约给对方造成了损失，且损失在保证金范围内，那么对方可以在保证金中扣除损失后返还剩余部分。如果损失超过了保证金数额，违约方仍然需要承担额外的赔偿责任。
法律限制：
- 需要注意的是，根据法律规定，保证金不得超过合同标的额的20%。如果保证金超过了这一比例，那么超出部分是无效的。在合同解除后处理保证金时，也应当考虑这一法律限制。
特殊情形：
- 在某些特殊情形下，如施工合同等，质保金（或类似性质的保证金）的扣留可能受到更复杂的法律关系和实际施工情况的影响。这时，是否扣除保证金需要综合考虑合同约定、法律规范和实际情况。比如，如果工程存在质量问题且需要维修，那么发包人可能会依据合同和质量保证金的性质来扣留部分或全部保证金。
综上所述，保证金合同解除后能否扣除，取决于合同的具体约定、法律规范和实际情况。因此，在处理这类问题时，建议仔细审查合同条款和相关法律法规，并结合实际情况做出判断。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。