结论：合同中履约保证金在扣除一部分后，对方补齐的情况下，是否可以再次全部扣除，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 合同有明确约定：如果合同中明确规定了履约保证金的扣除条件、方式和次数，那么应当严格按照合同约定执行。例如，合同可能规定，在特定违约情形下，可以扣除全部或部分履约保证金，且扣除后对方需在规定时间内补齐，但合同也可能同时规定，在补齐后若再次发生违约，仍有权再次扣除。因此，若合同中有此类明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则按照合同约定处理。
   • 合同无明确约定：如果合同中没有明确规定履约保证金的扣除次数或条件，那么双方应协商解决。在协商不成的情况下，可能需要依据相关法律法规或行业惯例来判断。

2. 法律法规角度：

   • 法律法规无直接规定：目前，我国法律法规对于履约保证金的扣除次数并没有直接的规定。因此，在处理此类问题时，主要依据的是合同约定和双方协商的结果。
   • 遵循公平原则：在处理合同纠纷时，应遵循公平原则。如果一方在补齐履约保证金后，再次因违约行为被扣除全部保证金，且这种扣除方式对另一方来说显失公平，那么这种扣除方式可能会受到法律的质疑。

3. 实际操作建议：

   • 审查合同条款：在签订合同时，应仔细审查合同中关于履约保证金的条款，确保条款明确、具体，且不违反法律法规的强制性规定。
   • 及时沟通协商：在合同履行过程中，如果发生需要扣除履约保证金的情况，双方应及时沟通协商，明确扣除的原因、金额和补齐的时间等事项。
   • 保留证据：在处理合同纠纷时，证据是至关重要的。因此，双方应妥善保留与履约保证金相关的所有证据，如合同、支付凭证、扣除通知等。

特殊情况说明：如果合同中约定了履约保证金的扣除与违约行为的严重程度相关联，且该约定合理合法，那么在对方再次发生严重违约行为时，根据合同约定，确实有可能再次扣除全部或部分履约保证金。但这种情况下的扣除必须严格依据合同约定进行，且不得违反法律法规的强制性规定。

总结与建议：合同中履约保证金在扣除一部分后对方补齐的情况下，是否可以再次全部扣除，主要取决于合同中的具体约定。因此，在签订合同时，应明确约定履约保证金的扣除条件、方式和次数等事项。在合同履行过程中，双方应严格遵守合同约定，及时沟通协商，并妥善保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。