结论前置：

1. 若合同中有明确约定：甲方在扣了履约保证金后，能否再扣应付款，需严格依据合同条款来判断。
2. 若合同中无明确约定：甲方一般无权同时扣留履约保证金和应付款，但具体还需根据合同目的、交易习惯及公平原则等综合判断。

详细分析：

在处理甲方扣了履约保证金后是否还能扣应付款的问题时，我们首先要明确的是，这主要取决于双方签订的合同中的具体约定。

1. 合同有明确约定的情况：

   • 如果合同中明确规定了，在特定情况下甲方有权同时扣留履约保证金和应付款，或者规定了扣留的顺序、条件等，那么甲方就有权按照合同约定执行。这种情况下，我们应当尊重合同双方的自主意愿，按照合同条款来处理。

2. 合同无明确约定的情况：

   • 如果合同中没有明确约定甲方可以同时扣留履约保证金和应付款，那么我们就需要根据合同的目的、交易习惯以及公平原则等来进行综合判断。
   • 合同目的：我们需要考虑合同签订的主要目的是什么。如果扣留应付款会严重违背合同的主要目的，那么甲方可能无权这样做。
   • 交易习惯：在行业内，如果存在普遍的交易习惯或惯例，且这些习惯或惯例与合同条款不冲突，那么也可以作为判断的依据。
   • 公平原则：在处理此类纠纷时，我们还需要考虑公平原则。如果甲方同时扣留履约保证金和应付款会对乙方造成不公平的损失，那么这种做法可能不会被支持。

法律建议：

• 在签订合同时，双方应当明确约定履约保证金和应付款的扣留条件、顺序等，以避免后续产生纠纷。
• 如果合同中没有明确约定，且双方无法达成一致意见，那么可以考虑通过法律途径来解决纠纷。在这种情况下，建议咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果甲方无正当理由同时扣留履约保证金和应付款，乙方有权要求甲方返还多扣的款项，并可能要求甲方承担违约责任或赔偿损失。
• 如果双方因此产生纠纷并诉诸法律，法院将根据合同条款、合同目的、交易习惯以及公平原则等来进行综合判断，并作出相应的裁决。

综上所述，甲方在扣了履约保证金后是否还能扣应付款，主要取决于合同中的具体约定。如果合同中有明确约定，则按照合同条款执行；如果合同中无明确约定，则需要根据合同目的、交易习惯以及公平原则等来进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。