违约方缴纳的履约保证金并不一定会被全部扣除，是否扣除及扣除的数额需根据合同约定、违约情况及法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同有明确约定且不违反法律强制规定时

1. 满足条件可扣除：若合同中明确约定了违约方需缴纳履约保证金，并规定了特定违约情形下守约方有权扣除保证金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在满足约定条件时，守约方可以扣除保证金。例如，合同中约定“如因违约方原因导致合同终止，守约方有权不退还履约保证金”，在违约方确实存在导致合同终止的违约行为时，守约方可以依据合同约定扣除保证金。

2. 扣除数额需合理：即便合同有明确约定，扣除的保证金数额也应与违约造成的损失相当。如果扣除的数额过分高于造成的损失，违约方有权请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。例如，违约行为仅造成守约方少量损失，但合同约定扣除的保证金数额过高，此时违约方可以主张调整扣除数额。

二、合同无明确约定时

1. 随意扣除构成违约：若合同中未明确约定在特定违约情形下可扣除保证金，守约方随意扣除保证金则构成违约。此时，违约方（即保证金缴纳方）有权要求守约方返还保证金，并可追究其违约责任。例如，合同中未规定逾期付款可扣除保证金，但守约方在违约方逾期付款时直接扣除了保证金，此时违约方可以主张返还。

2. 可通过法律途径解决：在合同无明确约定且双方对保证金扣除存在争议时，任何一方均可通过法律途径解决争议。法院或仲裁机构将根据合同履行情况、当事人的过错程度、实际损失等因素，综合判断是否应扣除保证金及扣除的数额。

三、实际操作中的建议

1. 审查合同条款：在签订合同时，务必仔细审查合同中关于履约保证金的条款，明确约定在何种违约情形下可扣除保证金及扣除的数额。这有助于在发生争议时，依据合同条款维护自身权益。

2. 保留相关证据：在合同履行过程中，双方均应保留与合同履行、违约情况等相关的证据。这些证据在发生争议时，将作为判断违约责任、扣除保证金数额的重要依据。

3. 及时沟通协商：在发现对方存在违约行为时，应及时与对方沟通协商，尝试通过友好方式解决争议。这有助于避免争议升级，减少不必要的法律纠纷。

举例说明：假设A公司与B公司签订了一份租赁合同，A公司按约缴纳了履约保证金。后因A公司未能按时支付租金，B公司依据合同约定（合同中明确规定了逾期付款可扣除保证金）扣除了全部保证金。但A公司认为扣除的数额过高，远超其违约行为给B公司造成的损失，于是向法院提起诉讼。法院在审理过程中，将根据合同约定、A公司的违约情况、B公司的实际损失等因素，综合判断是否应调整扣除的保证金数额。

总之，在处理违约方履约保证金扣除问题时，应依据合同约定、违约情况及法律规定进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。