结论：在货物买卖合同纠纷中，扣保证金后是否能扣货款补保证金，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据合同的具体条款以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度进行分析：
合同条款的约定：
- 如果合同中明确约定了保证金的作用、扣除条件以及是否可以用货款来补足保证金等条款，那么双方应当严格按照合同约定执行。例如，合同可能规定，在买方违约时，卖方有权扣除保证金，并且如果保证金不足，有权从货款中扣除相应金额以补足保证金。
- 如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么就不能直接扣货款补保证金，而需要双方协商或者依据相关法律法规来处理。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应当遵循诚实信用原则，按照约定履行自己的义务。如果一方未经对方同意，擅自扣货款补保证金，可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任。
- 同时，法律法规也保护合同双方的合法权益，如果一方认为另一方的行为侵犯了自己的权益，可以通过法律途径来维护自己的权益。
实际操作中的建议：
- 在签订合同时，双方应当明确保证金的作用、扣除条件以及是否可以用货款来补足保证金等条款，以避免后续纠纷。
- 如果发生纠纷，双方应当首先尝试通过协商来解决。如果协商不成，可以寻求第三方调解或者通过法律途径来解决。
- 在处理纠纷时，双方应当保留好相关证据，如合同、付款凭证、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
举例说明：
假设甲乙双方签订了一份货物买卖合同，合同中约定了买方需要支付一定金额的保证金，并且如果买方违约，卖方有权扣除保证金。但是合同中没有明确约定是否可以用货款来补足保证金。后来，买方违约，卖方扣除了保证金，但认为保证金不足，想要从货款中扣除。在这种情况下，卖方就不能直接扣货款补保证金，而需要与买方协商或者依据相关法律法规来处理。
法律后果：
如果卖方未经买方同意，擅自扣货款补保证金，可能构成违约行为，需要承担返还货款、赔偿损失等法律责任。同时，这种行为也可能影响卖方的商业信誉和未来的业务合作。
综上所述，扣保证金后是否能扣货款补保证金，需要依据合同的具体条款以及相关法律法规来综合判断。如果你在这方面有具体的法律问题或者需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。