合同中可扣除的违约金是否可以超过履约保证金，需分情况讨论：

1. 若合同有明确约定
   根据《民法典》第585条，违约金数额由双方协商确定，法律未禁止违约金超过履约保证金。若合同中明确约定“违约金可超过履约保证金”，且该条款不违反法律强制性规定（如不构成显失公平、欺诈等），则该约定有效。此时，违约方需按合同约定支付违约金，即使其金额高于履约保证金。

2. 若合同无明确约定

   • 履约保证金的性质：若履约保证金被认定为“定金”（具有担保合同履行、惩罚违约的功能），则根据《民法典》第586条，定金数额不得超过主合同标的额的20%，超过部分不产生定金效力。此时，违约金若超过履约保证金（定金），需结合实际损失调整，法院可能以“实际损失”为基准，参照违约金过高或过低的规则（如超过损失30%可能被认定为过高）进行裁量。
     
   • 履约保证金的性质为“预付款”或“担保金”：若履约保证金仅作为合同履行的担保，不具有定金性质，则违约金与履约保证金的关系需根据实际损失判断。若违约金显著高于实际损失（如超过损失的30%），违约方可依据《民法典》第585条请求法院或仲裁机构予以减少。

3. 司法实践中的倾向
   法院在审理此类案件时，会综合考量合同履行情况、违约方过错程度、守约方实际损失等因素。即使合同约定违约金可超过履约保证金，若守约方无法证明其实际损失达到违约金数额，法院可能酌情调减违约金，以避免违约方承担过重的责任。

建议：

• 签订合同时，明确约定违约金与履约保证金的关系（如“违约金可超过履约保证金，但以实际损失为限”），避免歧义。
  
• 若已发生纠纷，违约方可主张调整违约金（需提供实际损失证据），守约方则需证明其损失与违约金数额相当。
  

如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。