合同约定保证超过违约损失时，部分退还保证金是有可能的，但具体能否退还及退还比例，需依据合同约定、违约情况及相关法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同有明确约定时的处理

1. 约定不退还：

   • 若合同中明确规定，在特定违约情形下保证金不予退还，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么当这些情形发生时，保证金通常不予退还。例如，合同中可能规定：“若乙方未按照约定的时间支付款项超过XX日，甲方有权没收保证金。”

2. 约定可退还或部分退还：

   • 合同中也可能约定，在违约行为发生后，根据违约的严重程度或造成的损失大小，退还部分或全部保证金。这种约定体现了合同双方的自主意愿，只要不违反法律，即具有法律效力。

二、合同无明确约定或约定不明时的处理

1. 实际损失与保证金的关系：

   • 若因违约行为给守约方造成了实际损失，且该损失小于保证金的数额，守约方有权要求违约方赔偿损失，但超出损失部分的保证金，在双方协商一致的情况下，可能退还。例如，违约导致守约方损失1万元，而保证金为2万元，那么超出损失的1万元保证金，在双方协商后可能退还。

2. 违约行为的性质与程度：

   • 违约行为的性质和程度也会影响保证金的退还。如果违约行为较为轻微，且已及时纠正，没有给守约方造成重大损失，守约方可能会考虑退还部分或全部保证金。但这需要双方进行协商，并根据具体情况进行判断。

三、法律规定的考量

1. 《民法典》的相关规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十七条，债务人履行债务的，定金应当抵作价款或者收回。给付定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，无权请求返还定金；收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金。虽然此条款直接针对的是定金，但违约保证金在性质上与定金有相似之处，均用于保障合同履行。因此，在处理违约保证金退还问题时，可参照此条款的精神进行。

2. 不可抗力因素：

   • 根据《民法典》第一百八十条，因不可抗力不能履行民事义务的，不承担民事责任。不可抗力是不能预见、不能避免且不能克服的客观情况。因此，如果违约是由不可抗力因素造成的，且合同中没有特别约定，那么违约保证金应当退还。

四、实际操作建议

1. 明确合同条款：

   • 在签订合同时，双方应明确约定违约保证金的相关条款，包括数额、支付方式、退还条件及违约责任等。这有助于避免后续纠纷的发生，并确保双方权益得到保障。

2. 协商解决纠纷：

   • 当因保证金退还问题产生纠纷时，双方应首先尝试协商解决。通过友好沟通，双方可以达成共识，从而避免不必要的法律诉讼和成本支出。

3. 寻求法律途径：

   • 如果协商不成，双方可以向人民法院提起诉讼，要求对方承担违约责任并处理保证金的退还问题。在诉讼过程中，法院将根据合同约定、违约情况及相关法律规定进行裁决。

总结来说，合同约定保证超过违约损失时，部分退还保证金是有可能的。但具体能否退还及退还比例，需依据合同约定、违约情况及相关法律规定综合判断。在处理此类问题时，建议双方首先尝试协商解决，并明确合同条款以避免后续纠纷。如有需要，可随时向我咨询相关法律问题。