结论：扣除履约保证金后发现合同无效，能否让对方退回履约保证金需分情况讨论，具体如下：

1. 合同无效的认定及法律后果
   根据《民法典》第153条、第154条，合同无效的情形包括：违反法律、行政法规的强制性规定；违背公序良俗；行为人与相对人恶意串通损害他人合法权益等。合同无效后，因该合同取得的财产应当返还，不能返还或没必要返还的，应折价补偿；有过错的一方应赔偿对方因此受到的损失，双方都有过错的，各自承担相应责任。
   若合同被认定无效，履约保证金作为基于无效合同取得的财产，原则上应返还给支付方。但若支付方对合同无效存在过错（如恶意串通、明知违法仍签订等），可能需承担部分或全部损失，此时返还金额可能减少甚至无需返还。

2. 扣除履约保证金后的处理方式

   • 若扣除行为发生在合同无效认定前：
     对方扣除履约保证金的行为可能缺乏法律依据。若合同最终被认定无效，支付方可主张返还扣除的保证金，并要求对方赔偿因非法扣除造成的损失（如利息损失）。
     
   • 若扣除行为发生在合同无效认定后：
     需分析扣除行为是否合法。若对方扣除保证金是基于合同中的有效条款（如违约金条款），但合同整体无效导致该条款无效，则扣除行为不合法，支付方可主张返还；若对方扣除保证金是基于其他合法依据（如支付方实际违约且该违约行为与合同无效无关），则可能无需返还。

3. 实务建议

   • 收集证据：保留合同文本、履约保证金支付凭证、扣除通知等材料，证明合同无效的事实及扣除行为的存在。
     
   • 协商解决：与对方沟通，说明合同无效的法律依据，要求返还保证金。若对方拒绝，可进一步通过法律途径解决。
     
   • 诉讼或仲裁：若协商无果，可向法院起诉或根据合同约定申请仲裁，主张返还保证金及赔偿损失。诉讼中需重点证明合同无效的原因、扣除行为的违法性及自身过错程度（若存在）。

总结：合同无效后，履约保证金原则上应返还，但具体能否退回需结合合同无效的原因、扣除行为的合法性及双方过错程度综合判断。建议根据实际情况采取相应措施，必要时直接向我咨询具体法律问题。