结论：在建设工程已投入使用且合同无效的情况下，质保金是否应扣除不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同无效对质保金处理的一般影响
合同无效意味着合同自始没有法律约束力，但这并不意味着合同中的所有条款都完全无效。特别是那些涉及工程质量和保修责任的条款，往往被视为独立于合同效力的存在，因为它们关乎公共利益和工程安全。因此，即使合同无效，如果工程存在质量问题，发包方仍有权要求承包方承担修复责任，并可能从质保金中扣除相应费用。
二、质保金扣除的具体情形
工程质量存在问题：
- 如果工程在质保期内出现质量问题，且该问题属于承包方的保修范围，那么发包方有权要求承包方进行修复。
- 若承包方拒绝修复或未能在合理期限内修复，发包方可以自行修复或委托第三方修复，并从质保金中扣除修复费用。
- 法律依据：虽然合同无效，但根据《民法典》中关于不当得利返还和损害赔偿的规定，以及建设工程领域的相关行业惯例，发包方有权就质量问题造成的损失向承包方追偿。
工程质量无问题：
- 如果工程在质保期内未出现质量问题，或者出现的问题不属于承包方的保修范围，那么发包方无权扣除质保金。
- 在此情况下，质保金应按照合同约定（尽管合同无效，但可参照合同中的合理条款）或行业惯例在质保期满后返还给承包方。
三、实际操作中的注意事项
证据收集：
- 发包方在主张扣除质保金时，应提供充分的证据证明工程存在质量问题，且该问题属于承包方的保修范围。
- 证据可以包括质量检测报告、修复费用发票、照片、视频等。
协商与诉讼：
- 双方应首先尝试通过协商解决质保金扣除问题。
- 如果协商不成，发包方可以向法院提起诉讼，要求承包方承担修复责任或赔偿损失，并请求法院判决扣除相应质保金。
行业惯例与公平原则：
- 在处理此类纠纷时，法院或仲裁机构可能会考虑行业惯例和公平原则，以平衡双方当事人的利益。
- 例如，如果合同无效是由于发包方的原因造成的，法院可能会倾向于保护承包方的利益，减少或免除质保金的扣除。
四、特殊情况下的处理
- 如果合同无效是由于承包方的原因造成的（如未取得相应资质、串通投标等），且工程存在质量问题，那么发包方在主张扣除质保金时可能会得到更多的法律支持。
- 如果合同无效是由于双方共同过错造成的，那么质保金的扣除可能会根据双方的过错程度进行分担。
建议：在处理此类纠纷时，建议双方当事人首先咨询专业律师，以了解具体的法律权益和义务。如果双方无法协商解决，可以通过法律途径维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你提供更详细的法律建议。