在处理建设工程施工合同无效时质保金条款的适用性问题时，我们首先要明确的是，合同无效通常意味着该合同自始不具有法律约束力，合同中约定的所有条款（除解决争议方法的条款外）在原则上均会失去法律效力。然而，在建设工程这一特殊领域，质保金条款的适用性却呈现出一定的复杂性。
一、质保金条款的效力分析
一般原则：根据合同法的相关规定，合同无效时，其中的质保金条款原则上也会失效，因为合同无效是对整个合同关系的否定。
特殊情况：但在建设工程领域，由于工程质量的特殊性和重要性，即使合同无效，如果工程经验收合格，质保金条款仍有可能被参照适用。这是因为质保金本质上与工程质量紧密相关，它的设立是为了确保工程在质保期内出现质量问题时能够得到妥善维修。
二、质保金的处理方式
参照合同约定支付：若工程经验收合格，发包人可以参照合同中关于工程价款的约定，包括质保金的扣留与返还方式，来折价补偿承包人。这既体现了对工程质量的保护，也符合公平原则。
扣留与返还条件：质保金的扣留比例和返还时间通常会在合同中明确约定。在合同无效的情况下，如果工程验收合格，这些约定仍可能被作为处理质保金的参考。特别是在缺陷责任期内，若工程出现质量问题，质保金可用于支付维修费用。
过错责任：如果合同无效是由一方或双方的过错导致的，有过错方可能需要赔偿对方因此受到的损失。这也会影响质保金的返还金额或方式，确保过错方承担相应的责任。
三、工程质量不合格时的处理
修复后验收合格：如果工程在修复后验收合格，承包人承担修复费用后，发包人应参照合同约定支付包含质保金在内的工程价款。但修复费用可以从质保金中扣除。
修复后仍不合格：如果工程在修复后仍然不合格，承包人则无权请求参照合同折价补偿。在这种情况下，质保金也无需支付给承包人。
四、建议与注意事项
明确约定：在签订合同时，发承包双方应明确质保金的预留、返还方式、期限及缺陷责任期的相关事项。这有助于减少争议，确保双方权益得到保障。
关注法律变化：由于法律法规和司法解释可能会不断更新，发承包双方应及时关注这些变化，以确保处理方式的合法性。
寻求专业法律意见：在处理此类复杂问题时，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供具体的法律建议和帮助，确保各方权益得到最大程度的保护。
综上所述，虽然建设工程施工合同无效时质保金条款在原则上可能失效，但在特定情况下，特别是当工程经验收合格时，这些条款仍可能被参照适用以确保工程质量和维修处理。因此，在实际操作中，发承包双方应充分考虑各种因素，并在必要时寻求专业法律意见。