工程履约保证金的扣除情形主要包括中标人未按照合同约定履行义务，以及存在违法分包、转包等情形。具体分析如下：

一. 中标人未按照合同约定履行义务

• 履约保证金的主要目的是确保中标人能够按照合同约定履行其义务。如果中标人在合同履行过程中出现违约行为，如未能按时完成工程、工程质量不符合约定标准等，招标人有权根据合同约定扣除相应的履约保证金作为违约赔偿。

二. 存在违法分包、转包等情形

• 根据《中华人民共和国招标投标法》的相关规定，中标人不得将中标项目转让给他人，也不得将中标项目肢解后分别转让给他人，或者违反规定将中标项目的部分主体、关键性工作分包给他人。如果中标人违反这些规定，招标人同样有权扣除履约保证金，并可能面临罚款、没收违法所得、责令停业整顿乃至吊销营业执照等处罚。

综上所述，工程履约保证金的扣除情形主要围绕中标人是否按照合同约定履行义务，以及是否存在违法分包、转包等违约行为。在实际操作中，招标人应严格按照合同约定和法律法规的规定执行，确保履约保证金的扣除合理合法。如有进一步需要，您可以继续咨询我。