履约保证金从工程款中扣除是符合规定的，但需严格遵循合同约定及法律法规。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定：

   • 根据发包方与承包方在建设工程承包合同中的约定，双方可以协商将部分工程款预留作为履约保证金，以确保承包方在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修。
   • 履约保证金的扣除比例、方式及退还条件等应在合同中明确约定，以确保双方权益。

2. 法律法规支持：

   • 《建设工程质量保证金管理暂行办法》第二条规定，建设工程质量保证金是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。
   • 《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例也规定了履约保证金的提交、扣除及退还等相关事宜，确保了履约保证金制度的合法性和规范性。

3. 扣除情形：

   • 当承包方未按照合同约定的时间、质量、数量等要求履行义务时，如工期延误、工程质量不达标等，发包方有权根据合同约定扣除部分或全部履约保证金。
   • 若承包方违反特定条款，如擅自转包、分包或提出附加条件等，也可能触发履约保证金的扣除条款。

4. 程序与要求：

   • 发包方在扣除履约保证金前，应及时书面通知承包方，明确扣除原因、依据及金额，并妥善保存相关证据。
   • 扣除金额应以弥补发包方因承包方违约所遭受的实际损失为限，超出部分承包方有权要求调整。

5. 退还与争议解决：

   • 履约保证金通常在承包方完成合同相关事项后退还，若合同中有关于保养或维修保证金的约定，退还时间可能相应推迟。
   • 若双方对履约保证金的扣除存在争议，应首先通过友好协商解决；协商不成时，可依法向有管辖权的人民法院提起诉讼。

综上所述，履约保证金从工程款中扣除是符合规定的，但前提是双方需在合同中明确约定，并严格遵循相关法律法规及程序要求。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。