扣除履约保证金是否合理，需具体根据合同约定及实际情况来判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同约定是关键：

   • 履约保证金作为一种金钱保证，其扣除条件、方式及金额等通常会在合同中明确约定。
   • 如果合同中有明确条款规定在某些违约情形下可以扣除履约保证金，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么按照合同约定扣除履约保证金是合理的。

2. 违约行为是前提：

   • 履约保证金的扣除通常与违约行为相关联。
   • 如果一方未按照合同约定的时间、质量、数量等要求履行义务，如工期延误、工程质量不达标等，那么另一方有权依据合同约定扣除部分或全部履约保证金。

3. 法律法规是限制：

   • 扣除履约保证金的行为必须遵守相关法律法规的规定。
   • 例如，根据《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例，履约保证金的金额不得超过中标合同金额的10%，且招标人在扣除履约保证金前应及时书面通知中标人，并妥善保存相关证据。

4. 公平合理是原则：

   • 履约保证金的扣除应遵循公平、合理的原则。
   • 扣除金额应以弥补守约方因违约行为所遭受的实际损失为限，超出部分违约方有权要求调整。

综上所述，扣除履约保证金是否合理取决于合同约定、违约行为、法律法规以及公平合理原则的综合考量。在实际操作中，建议双方在签订合同时明确约定履约保证金的扣除条件、方式及金额等，以避免后续产生争议。如果双方对履约保证金的扣除存在争议，应通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径解决纠纷。