公司停工停产超过6个月，员工可以申请劳动仲裁，且这一行为是合法的。以下是对此问题的详细分析：
法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议仲裁是解决劳动争议的一种法定方式。当员工与公司之间因劳动报酬、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护等事项发生争议时，任何一方都可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。公司停工停产超过6个月，很可能涉及到员工工资支付、劳动合同履行等劳动争议问题，因此员工有权申请劳动仲裁。
具体情形分析
工资支付问题：
- 如果公司停工停产是因为经营困难或其他非员工原因，且公司未按照法律规定支付员工工资或生活费，员工可以申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资或生活费。
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法规，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理（如支付生活费）。
劳动合同履行问题：
- 如果公司停工停产导致劳动合同无法继续履行，员工可以与公司协商解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。
- 若公司未与员工协商一致，单方面解除劳动合同或未按照法律规定支付经济补偿，员工同样可以申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
其他劳动争议：
- 除了工资支付和劳动合同履行问题外，公司停工停产还可能引发其他劳动争议，如社会保险缴纳、福利待遇等。员工也可以就这些问题申请劳动仲裁。
法律建议
- 收集证据：在申请劳动仲裁前，员工应尽可能收集与公司停工停产、工资支付、劳动合同履行等相关的证据，如工资条、劳动合同、公司通知等。
- 咨询专业律师：虽然我可以为你提供法律咨询，但在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，在申请劳动仲裁前，建议你进一步向我咨询，以便更准确地了解自己的权益和可能的法律后果。
- 及时申请仲裁：一旦发现公司存在违法行为或劳动争议，员工应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以免错过时效。
可能的法律后果
- 如果员工申请劳动仲裁并胜诉，公司可能需要支付拖欠的工资、生活费、经济补偿等费用，并可能面临劳动行政部门的处罚。
- 如果公司拒不履行仲裁裁决，员工还可以向人民法院申请强制执行。
综上所述，公司停工停产超过6个月，员工可以申请劳动仲裁，且这一行为是合法的。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。