在工程纠纷中，已支付支票但未能兑现的情况，一般不视为同意原案由，而是可能构成一个新的案由或者视为原债务未履行完毕，具体取决于案件的具体情况和法律关系的分析。以下从几个角度进行详细分析：

1. 案由的确定原则：

   • 案由通常是根据当事人之间的法律关系和争议焦点来确定的。在工程纠纷中，如果原本的案由是工程款支付纠纷，那么核心争议焦点是工程款是否应支付以及支付多少。
   • 当已支付支票但未能兑现时，这实际上并未解决工程款支付的核心问题，因为支票未能兑现意味着款项并未实际到达收款人账户，因此，从法律关系上看，原债务（工程款支付义务）并未得到履行。

2. 支票未能兑现的法律后果：

   • 支票作为一种支付工具，其兑现是支付行为完成的标志。如果支票未能兑现，那么支付行为并未完成，收款人仍有权要求付款人履行支付义务。
   • 在这种情况下，如果原案由是工程款支付纠纷，那么支票未能兑现可能构成原债务未履行完毕的新情况，而不是同意原案由。收款人可以基于原债务关系继续追讨工程款。

3. 可能的新案由：

   • 如果支票未能兑现是由于付款人的原因（如账户余额不足、支票签发错误等），那么收款人除了可以基于原债务关系追讨工程款外，还可以考虑以“票据纠纷”或“合同违约纠纷”（如果支票支付是合同的一部分）等新案由提起诉讼。
   • 具体选择哪个案由，需要根据案件的具体情况、证据材料以及法律关系的分析来确定。

4. 实务建议：

   • 在处理此类纠纷时，建议首先收集并保存好所有相关证据，包括合同、支票、支票兑现记录（如银行退票理由书等）、沟通记录等。
   • 然后，根据证据材料和法律关系分析，确定合适的案由和诉讼策略。如果对案由选择或诉讼策略有疑问，可以寻求专业律师的帮助。

总结来说，已支付支票但未能兑现在工程纠纷中一般不视为同意原案由，而是可能构成一个新的案由或者视为原债务未履行完毕。在处理此类纠纷时，应综合考虑案件的具体情况、证据材料以及法律关系分析来确定合适的案由和诉讼策略。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。