可以主张对方支付工程款。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从合同法律关系角度
   • 如果双方签订了合法有效的工程合同，合同中明确约定了工程款的支付时间、方式等条款。对方在已经抵扣工程发票的情况下，说明其认可了工程的相关成果和费用，但却未按照合同约定付清工程款，这明显构成了违约行为。你有权依据合同的约定，要求对方继续履行支付剩余工程款的义务，并且如果合同中有关于逾期付款违约责任的约定，比如支付违约金、赔偿损失等，你还可以同时主张对方承担相应的违约责任。
   • 即使合同中没有明确约定逾期付款的违约责任，根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。所以，你依然可以要求对方支付剩余工程款，并要求其赔偿因逾期付款给你造成的损失，例如资金占用期间的利息损失等。
2. 从发票与付款的关联性角度
   • 工程发票的开具通常是基于工程已经完成或者部分完成，并且双方对工程价款达成了一定的共识。对方抵扣工程发票的行为，在一定程度上可以视为对工程价款的认可。虽然发票抵扣本身并不直接等同于付款义务的完成，但它是一个重要的证据，表明对方知晓并接受了这笔工程费用。在这种情况下，对方以未付清工程款为由进行抗辩，需要有合理的理由和证据支持，否则难以成立。
   • 如果对方主张已经支付了部分或全部工程款，那么对方需要承担举证责任，提供相应的付款凭证，如银行转账记录、支票等。如果对方无法提供充分的证据证明已经付款，而你又能提供工程合同、发票以及工程完成情况等相关证据，那么你的主张将更有可能得到支持。
3. 从实际履行情况角度
   • 除了合同和发票外，还需要考虑工程的实际履行情况。如果工程已经按照合同约定完成并通过了验收，那么对方支付工程款的条件已经成就。即使对方在抵扣发票后提出一些关于工程质量等方面的异议，也需要有充分的证据证明这些问题确实存在，并且是由于你的原因导致的，否则不能成为拒绝支付工程款的理由。
   • 如果工程尚未完全完成，但对方已经抵扣了发票，这种情况下需要分析双方是否存在其他约定或者特殊情况。例如，是否是因为对方的原因导致工程无法继续进行，或者双方是否就工程款的支付达成了阶段性的协议等。如果有相关证据支持你的主张，你仍然可以要求对方按照约定支付相应的工程款。

建议：你可以先与对方进行友好协商，明确要求对方支付剩余工程款，并保留好相关的沟通记录。如果协商无果，你可以收集好工程合同、发票、工程验收报告、沟通记录等证据，向法院提起诉讼或者根据合同约定申请仲裁，以维护自己的合法权益。在处理此类问题时，如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。