可以直接起诉，但需满足一定条件并做好充分准备。以下是详细分析：

1. 合同关系与付款义务：首先，需要确认双方之间是否存在合法有效的工程合同或相关协议，且合同中明确约定了付款条款（如付款金额、付款时间、付款方式等）。如果合同明确规定了对方的付款义务，而对方未按照约定足额付款，那么你作为收款方有权依据合同要求对方支付剩余款项。

2. 发票与付款的关系：虽然你已经为对方开具了发票，但发票本身并不直接等同于付款凭证。发票是财务记账和税务申报的依据，而付款则需要通过银行转账记录、收据、现金交付凭证等实际支付证据来证明。因此，在起诉时，除了提供发票外，还需要提供其他证据来证明对方确实未足额付款。

3. 起诉前的准备：

   • 收集证据：包括但不限于工程合同、发票、付款记录（如有部分付款）、沟通记录（如邮件、短信、微信等证明对方承认欠款或承诺付款的证据）、催款通知等。
   • 确定诉讼请求：明确要求对方支付的剩余款项金额、利息（如有约定或法定利息）、违约金（如有约定）等。
   • 选择管辖法院：根据合同约定或法律规定，确定有管辖权的法院进行起诉。

4. 起诉流程：

   • 撰写起诉状：详细陈述事实与理由，提出明确的诉讼请求。
   • 提交法院：将起诉状及相关证据提交至有管辖权的法院，并缴纳诉讼费。
   • 等待法院受理与开庭：法院会对案件进行审查，决定是否受理，并安排开庭时间。
   • 参与庭审与调解：在庭审过程中，你需要陈述事实、提供证据，并可能接受对方的质证与反驳。法院也可能在庭审过程中或之后组织双方进行调解。
   • 等待判决与执行：如果调解不成，法院将作出判决。如果判决支持你的诉讼请求，而对方仍不履行付款义务，你可以向法院申请强制执行。

5. 注意事项：

   • 诉讼时效：注意诉讼时效的问题，确保在法定的诉讼时效期间内提起诉讼。
   • 证据的真实性与合法性：确保提供的证据真实、合法、有效，能够支持你的诉讼请求。
   • 法律程序与规定：遵循法律程序与规定，确保起诉的合法性与有效性。

建议：在起诉前，你可以先尝试与对方进行协商或发送律师函等方式进行催款，以节省诉讼成本和时间。如果协商无果或对方拒绝履行付款义务，再考虑通过法律途径解决。如果你在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。