可以起诉。针对您提出的“工程合同发票开了5年，对方公司至今没有付款，是否可以起诉”的问题，以下是从不同角度的详细分析：
一、法律背景与依据
合同关系：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。一旦合同成立并生效，双方应按照合同约定履行各自的义务。
- 在工程合同中，通常约定了工程款的支付时间、方式等条款。如果对方公司未按照合同约定支付工程款，即构成违约。
诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
- 然而，诉讼时效期间并非绝对不可中断或延长。如果在此期间内，您曾向对方公司主张过权利（如发送催款函、进行协商等），或者存在其他导致诉讼时效中断或延长的情形，那么诉讼时效可能会重新计算或延长。
- 鉴于您的情况已经持续5年，但具体是否超过诉讼时效，还需结合您在此期间是否主张过权利、是否有诉讼时效中断或延长的情形等因素综合判断。
二、起诉的可行性
证据收集：
- 在起诉前，您需要收集充分的证据来证明对方公司未支付工程款的事实。这包括但不限于工程合同、发票、催款记录、协商记录等。
- 特别是发票，作为您已经履行合同义务（即完成工程并开具发票）的证据，对于证明对方公司未支付工程款具有重要作用。
起诉条件：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉必须符合以下条件：原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；有明确的被告；有具体的诉讼请求和事实、理由；属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
- 在您的情况下，您作为工程合同的乙方（或甲方，视合同具体约定而定），与本案有直接利害关系；对方公司作为明确的被告；您的诉讼请求是要求对方公司支付工程款；事实和理由是对方公司未按照合同约定支付工程款。因此，您的起诉符合起诉条件。
三、可能的法律后果与建议
法律后果：
- 如果法院认定对方公司确实未支付工程款，且您的诉讼请求得到支持，那么对方公司将被判决支付工程款及可能的违约金、利息等。
- 如果对方公司拒不履行判决，您还可以申请法院强制执行。
建议：
- 在起诉前，建议您先尝试与对方公司进行协商，看是否能够达成和解协议并尽快支付工程款。
- 如果协商无果，建议您及时咨询专业律师（即我本人，王冠儒律师，专注于婚姻家庭、合同纠纷领域），并准备充分的证据材料，以便在起诉时能够充分证明自己的主张。
- 在起诉过程中，您需要积极配合法院的工作，按时出庭、提交证据等，以确保自己的合法权益得到维护。
综上所述，您可以起诉对方公司要求支付工程款。但具体是否超过诉讼时效、起诉的可行性以及可能的法律后果等，还需结合您的具体情况和收集的证据材料进行综合判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。