在建设工程合同约定先开发票后付工程款，但起诉时未开具发票的情况下，法院的判决会视具体情形而定，核心在于判断未开发票是否构成付款的合法抗辩理由。以下分情况详细说明：

1. 若合同明确约定“先开发票后付款”为付款条件，且该约定不违反法律强制性规定：

   • 法院可能支持付款方以未开发票为由暂缓付款。因为发票开具是合同约定的付款前提，付款方有权要求对方先履行开具发票的义务。此时，法院会审查合同条款的效力及双方履行情况，若确认未开发票，可能判决驳回原告（施工方）要求立即付款的诉求，或要求原告先开具发票后，被告再履行付款义务。
   • 但需注意：若付款方已实际使用工程或未及时提出开具发票要求，可能被认定为“以行为变更合同约定”，此时法院可能不支持其抗辩。例如，工程已竣工验收并投入使用多年，付款方从未催要发票，却以未开发票为由拒付工程款，法院可能认定其抗辩不成立。

2. 若合同未明确约定“先开发票后付款”为付款条件，或约定不明确：

   • 法院通常不会将未开发票作为拒付工程款的合法理由。根据《民法典》第五百九十九条，出卖人应当按照约定或交易习惯向买受人交付提取标的物单证以外的有关单证和资料（包括发票），但此义务属于从合同义务，与付款这一主合同义务不构成对等关系。除非合同明确将开具发票约定为付款前提，否则付款方不得以未开发票为由拒绝付款。
   • 此时法院可能判决付款方支付工程款，并可能单独判决施工方开具发票（若付款方提出反诉或另行起诉要求开具发票）。

3. 若施工方未开具发票存在合理理由（如付款方未按合同约定支付进度款导致施工方拒绝开具后续发票）：

   • 法院可能根据公平原则和诚实信用原则，调整双方权利义务。例如，若付款方先违约未支付进度款，施工方有权行使先履行抗辩权，拒绝开具后续发票。此时法院可能判决付款方先支付工程款，施工方再开具发票。

建议：

• 对施工方：若合同明确约定“先开发票后付款”，建议按约定开具发票后再起诉要求付款，避免因未履行合同义务而败诉；若合同未明确约定或存在合理抗辩理由，可在起诉时一并要求法院判决对方支付工程款及自己开具发票的义务。
• 对付款方：若施工方未开具发票，应及时书面催告并留存证据；若合同明确约定“先开发票后付款”，可在诉讼中提出抗辩；若未明确约定，建议另行起诉要求施工方开具发票，而非直接拒付工程款。

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