针对法院判决被告向原告开具工程款发票，但被告在执行过程中仍不开具的情况，可采取以下处理措施：

1. 向执行法院申请强制执行
   根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，若被告未履行生效判决确定的义务（如开具发票），原告可向执行法院申请强制执行。执行法院有权采取多种措施督促被告履行，包括但不限于：

   • 责令限期履行：法院可向被告发出执行通知书，要求其在指定期限内开具发票。
     
   • 罚款或拘留：若被告拒不履行，法院可对其处以罚款（个人最高10万元，单位最高100万元），或对直接责任人员予以拘留（最长15日）。
     
   • 限制高消费或纳入失信名单：法院可将被告纳入失信被执行人名单，限制其高消费及非生活或经营必需的消费，并公开曝光。

2. 申请法院直接开具发票（特殊情形）
   若发票开具涉及国家税收管理，且被告拒不履行导致原告无法入账或抵扣税款，原告可向法院申请由税务机关协助执行。根据《税收征收管理法》及司法实践，法院可协调税务机关代开发票或采取其他补救措施，但需以税务机关的配合为前提。

3. 追究被告的违约责任或损害赔偿责任
   若被告未开具发票导致原告产生实际损失（如无法抵扣税款、多缴税款或面临税务处罚），原告可另行提起民事诉讼，要求被告赔偿损失。需注意：

   • 损失证明：原告需提供证据证明损失金额（如税务机关出具的补税通知、罚款决定等）。
     
   • 因果关系：需证明损失与被告未开具发票的行为存在直接因果关系。

4. 向税务机关举报被告的违法行为
   根据《中华人民共和国发票管理办法》，未按规定开具发票属于违法行为。原告可向被告所在地的税务机关举报，税务机关将依法对被告进行处罚（如责令改正、罚款），并督促其开具发票。税务机关的处罚决定可作为执行法院的辅助手段。

实务建议：

• 优先通过执行法院推动履行，利用司法强制力保障权益。
  
• 同步收集损失证据，为后续赔偿诉讼做准备。
  
• 若涉及税务问题，及时与税务机关沟通，形成执行与行政处罚的合力。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询工程款纠纷、执行程序或税务法律问题。