结论：在工程合同纠纷案中，即使合同被判决无效且工程款已通过强制执行支付，承包人通常仍负有开具工程发票的义务。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同无效与发票开具义务的关系
合同无效的法律后果：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。然而，合同无效并不意味着所有基于该合同的行为都无效或免除相关义务。
- 在建设工程合同中，即使合同无效，但工程已经实际施工并完成，且发包人已支付工程款（包括通过强制执行方式），承包人仍需履行与工程相关的附随义务，如开具发票。
发票开具的法定义务：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。
- 在建设工程领域，承包人作为提供工程服务的一方，在收到工程款后，有义务向发包人开具相应的工程发票。
二、强制执行与发票开具义务
强制执行的法律效果：
- 强制执行是法院根据生效法律文书，采取强制措施迫使被执行人履行义务的行为。在工程合同纠纷案中，如果发包人通过强制执行方式支付了工程款，这并不影响承包人开具发票的义务。
- 强制执行只是确保工程款得到支付的一种手段，而发票开具是承包人应履行的法定义务，两者并不冲突。
发票开具的独立性：
- 发票开具是承包人与发包人之间基于工程服务交易而产生的独立义务，不受合同效力、工程款支付方式等因素的影响。
- 即使合同被判决无效，且工程款已通过强制执行方式支付，承包人仍需按照法律规定和交易习惯向发包人开具发票。
三、未开具发票的法律后果
行政责任：
- 如果承包人未按照规定开具发票，税务机关可以责令其改正，并可能处以罚款等行政处罚。
民事责任：
- 在工程合同纠纷案中，如果承包人未开具发票导致发包人无法进行税务抵扣或产生其他损失，发包人有权要求承包人承担相应的民事责任，如赔偿损失等。
四、特殊情况下的处理
双方另有约定：
- 如果双方在合同中或事后就发票开具问题另有约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照双方的约定执行。
承包人确实无法开具发票：
- 在极少数情况下，如果承包人确实因客观原因无法开具发票（如税务登记被注销、税务机关暂停其发票领用等），那么双方可以协商解决或通过法律途径寻求救济。但这种情况并不常见，且承包人需承担相应的举证责任。
建议：在实际操作中，为了避免不必要的法律纠纷和损失，建议承包人在收到工程款后及时向发包人开具发票。如果因特殊原因无法开具发票，应及时与发包人沟通并协商解决方案。同时，发包人在支付工程款时也应要求承包人提供相应的发票或承诺开具发票的书面文件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。