在建设工程司法解释中，若挂靠协议被认定为无效，开具发票的义务并不会因协议无效而当然免除，具体分析如下：
一、挂靠协议无效的法律后果
挂靠协议，即不具备相应资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义承揽工程，并签订的协议。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》等相关规定，此类挂靠协议因违反法律、行政法规的强制性规定，通常会被认定为无效。协议无效后，双方应返还财产、折价补偿或赔偿损失，但这并不直接涉及发票开具的义务。
二、发票开具的义务来源
发票开具的义务主要来源于税收法律法规，而非挂靠协议本身。根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则，以及《中华人民共和国发票管理办法》等相关规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。这一义务是法定的，不因挂靠协议的无效而免除。
三、挂靠协议无效下发票开具的具体分析
实际施工人作为收款方：
- 若实际施工人直接收取了工程款，且其具备开具发票的资格（如个体工商户或具备相应资质的企业），则其应依法向付款方开具发票。
- 若实际施工人不具备开具发票的资格，其可能需要通过被挂靠企业（即名义上的施工企业）来开具发票。此时，被挂靠企业有义务在收到实际施工人转交的工程款后，向付款方开具发票，并可能涉及与实际施工人之间的内部结算问题。
被挂靠企业作为收款方：
- 若工程款直接支付给被挂靠企业，且被挂靠企业实际参与了工程的管理或施工（尽管这种情形在挂靠关系中较为少见），则被挂靠企业应依法向付款方开具发票。
- 若被挂靠企业仅作为名义上的收款方，实际工程款并未流入其账户，而是直接支付给了实际施工人，但基于税收法律法规的要求，被挂靠企业可能仍需就其名义上收到的款项开具发票（尽管这可能涉及与实际施工人之间的复杂结算和税务处理）。然而，这种情形下，被挂靠企业可能会通过内部协议或法律手段向实际施工人追偿因开具发票而产生的税费等损失。
四、法律建议
对于实际施工人：
- 在签订挂靠协议时，应明确约定发票开具的责任和方式，以避免后续纠纷。
- 若不具备开具发票的资格，应提前与被挂靠企业协商好发票开具事宜，并确保被挂靠企业能够按时、合规地开具发票。
对于被挂靠企业：
- 应严格审查挂靠协议的内容，避免涉及违法违规行为。
- 在收到工程款后，应依法开具发票，并妥善保管相关税务凭证和资料。
- 若因挂靠关系而产生税务纠纷或损失，应及时通过法律手段维护自身权益。
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