结论前置：一般情况下，公司不可以扣回之前已经发放的加班费，但具体还需根据劳动合同、公司规章制度以及实际工时情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、综合工时制与加班费的基本规定
综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，只要总工时不超过法定标准，就不视为加班。然而，当实际工作时间超过法定标准时，超出部分应视为加班，公司需支付加班费。
二、加班费发放的法律依据
根据《劳动法》及相关规定，加班费是劳动者因加班而应得的额外报酬，其发放是基于劳动者实际加班的事实。一旦加班事实成立，且公司已经按照法律规定支付了加班费，那么这笔费用就成为了劳动者的合法收入。
三、公司扣回加班费的合法性分析
劳动合同与规章制度：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了，在年度工时不足的情况下可以扣回之前发放的加班费，且该规定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么公司可能有一定的依据进行扣回。但这种情况较为罕见，且需要严格符合法律程序。
- 如果没有这样的规定，或者规定违反了法律、行政法规的强制性规定，那么公司扣回加班费的行为就是违法的。
实际工时情况：
- 即使年度工时不足，也不能直接作为扣回之前加班费的理由。因为加班费是基于实际加班事实支付的，与年度总工时是否达标无直接关联。
- 如果公司想要调整工资结构或福利政策，应该通过与劳动者协商、修改劳动合同或规章制度等方式进行，而不是单方面扣回已经发放的加班费。
四、劳动者的权益保护
- 劳动者有权要求公司按照法律规定支付加班费，并有权拒绝公司非法扣回加班费的行为。
- 如果公司扣回加班费，劳动者可以通过劳动争议调解仲裁、诉讼等途径维护自己的合法权益。
五、建议与措施
- 对于劳动者：如果公司试图扣回之前发放的加班费，应首先与公司进行沟通协商，明确表达自己的立场和诉求。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动争议仲裁。
- 对于公司：应严格遵守法律法规和劳动合同约定，合理支付加班费，并避免采取非法手段扣回已经发放的加班费。如果确实需要调整工资结构或福利政策，应通过合法途径进行，并与劳动者充分沟通协商。
总结来说，公司一般不可以扣回之前已经发放的加班费。如果公司有此类行为，劳动者应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。