结论：民营医院医师提取治疗费作为绩效工资是否合法，需结合具体情况判断，主要看是否符合相关法律法规、劳动合同及医院规章制度的规定。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规层面
《劳动法》与《劳动合同法》：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则订立劳动合同，并明确约定劳动报酬等条款。
- 绩效工资作为劳动报酬的一部分，其发放方式和标准应当符合劳动合同的约定以及法律法规的规定。
医疗行业相关规定：
- 医疗行业有其特殊性，对于医师的薪酬结构，可能存在特定的行业规定或指导意见。例如，某些地区或行业可能对医师的绩效工资发放有明确的规范或限制。
- 需要查阅当地或行业内的具体规定，以判断提取治疗费作为绩效工资是否符合行业规范。
二、劳动合同与医院规章制度层面
劳动合同约定：
- 如果医师与民营医院在劳动合同中明确约定了绩效工资的发放方式和标准，且该约定不违反法律法规和行业规范，那么提取治疗费作为绩效工资可能是合法的。
- 反之，如果劳动合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么医院单方面提取治疗费作为绩效工资可能缺乏合法依据。
医院规章制度：
- 医院内部可能制定有关于绩效工资发放的规章制度。如果这些规章制度经过合法程序制定，且内容不违反法律法规和劳动合同的约定，那么它们可以作为判断提取治疗费作为绩效工资是否合法的依据。
- 如果规章制度未经合法程序制定，或者内容违法违规，那么它们不能作为合法依据。
三、实际操作与合理性层面
实际操作情况：
- 即使法律法规和劳动合同都允许提取治疗费作为绩效工资，但在实际操作中，也需要考虑这种做法的合理性和公平性。
- 例如，提取比例是否过高，是否影响了医师的基本收入，是否对医师的工作积极性产生了负面影响等。
合理性判断：
- 合理性判断需要综合考虑多种因素，包括医院的经营状况、医师的工作量、治疗费的实际成本等。
- 如果提取治疗费作为绩效工资的做法在合理范围内，且能够激励医师提高工作效率和服务质量，那么这种做法可能是可接受的。
四、建议与风险提示
建议：
- 对于医师而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于绩效工资的发放方式和标准的规定。
- 如果对医院的绩效工资发放方式有疑问或不满，可以与医院进行沟通协商，或者寻求法律援助。
风险提示：
- 如果医院未经合法程序或违反法律法规、劳动合同及规章制度的规定提取治疗费作为绩效工资，医师有权向相关部门投诉或提起法律诉讼。
- 同时，医师也需要注意保留相关证据，如劳动合同、工资条、医院规章制度等，以便在需要时维护自己的合法权益。
总结：民营医院医师提取治疗费作为绩效工资是否合法，需结合法律法规、劳动合同及医院规章制度的规定以及实际操作和合理性进行综合判断。如有疑问或不满，建议及时与医院沟通协商或寻求法律援助。