单位以加班费计入计时工资为由不付加班费是不合理的，这一做法违反了《劳动法》的相关规定。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据与加班费支付标准
根据《劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，需支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这些规定是强制性的，无论劳动者是计时工资还是计件工资，只要存在加班事实，用人单位都应按照相应标准支付加班费。
二、计时工资与加班费的关系
计时工资是按照劳动者的工作时间来计算工资的一种形式。而加班费是劳动者在超出正常工作时间后，因额外付出劳动而应获得的报酬。单位将加班费计入计时工资，实际上是在混淆概念，试图规避支付加班费的法定义务。这种做法是不合法的，因为加班费是劳动者额外劳动的报酬，与计时工资是两个不同的概念，不能相互替代。
三、劳动者权益保护与维权途径
如果单位以加班费计入计时工资为由不付加班费，劳动者有权采取以下措施维护自身权益：
与单位协商：首先，可以尝试与单位进行友好沟通，明确法律规定，要求单位依法支付加班费。在协商过程中，可以保留好相关证据，如考勤记录、工作记录等，以便在需要时作为维权依据。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地劳动监察大队投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查，并责令其改正。如果单位拒不改正，劳动监察部门还可以对其进行处罚。
申请劳动仲裁或诉讼：如果投诉也未能解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，如果单位不履行裁决，劳动者还可以向法院提起诉讼，要求单位支付加班费及可能的赔偿金。
四、实际案例与启示
在实际生活中，类似的情况并不少见。有些单位为了降低成本，会采取各种手段规避支付加班费。但劳动者应明确自己的权益，不要轻易放弃。例如，曾有劳动者因单位未支付加班费而提起诉讼，最终法院判决单位支付加班费及赔偿金。这一案例告诉我们，只要劳动者敢于维权，法律就会给予保护。
综上所述，单位以加班费计入计时工资为由不付加班费是不合理的，也是违法的。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取合法手段维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。