加班费是计入工资总额的，这一做法是合法的。以下从法律定义、实践操作以及特殊情形三个角度为你详细分析：

法律定义层面

根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额由六个部分组成，其中明确包括加班加点工资。这一规定从法律层面确立了加班费作为工资组成部分的地位。同时，《中华人民共和国劳动法》第四十四条也进一步强调了用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日或法定休假日工作时，需按照相应标准支付高于正常工作时间的工资报酬，这再次确认了加班费属于工资的一部分。

实践操作层面

1. 经济补偿计算：

   • 在解除劳动合同时，经济补偿的计算依据是劳动者的应得工资，这包括了计时工资、计件工资以及奖金、津贴、补贴等货币性收入，自然也包括加班费。这一点在《劳动合同法实施条例》第二十七条中得到了明确体现。例如，若劳动者月工资为5000元，其中包含加班费1000元，那么在计算经济补偿时，应以5000元为基数进行计算。

2. 社保和公积金缴纳基数：

   • 社保和公积金的缴纳基数通常是按照包含加班费等在内的工资总额来计算的。这意味着加班费不仅影响劳动者的即时收入，还对其长期的社会保障待遇产生影响。例如，若劳动者的工资总额为6000元（含加班费），那么其社保和公积金的缴纳基数也将以6000元为准。

3. 劳动纠纷赔偿：

   • 在处理劳动纠纷时，特别是涉及到工资支付和经济赔偿的问题，加班费会作为工资的一部分进行核算和处理。如果用人单位拖欠劳动者工资，那么其中可能包含的加班费也必须一并考虑。例如，若用人单位拖欠劳动者工资及加班费共计8000元，那么在劳动纠纷处理中，这8000元都将作为赔偿的依据。

特殊情形说明

虽然加班费计入工资总额是合法的，但也存在一些特殊情形需要注意：

• 加班费计算基数的约定：虽然加班费计入工资总额，但其计算基数并非随意确定。根据相关规定，加班费的计算基数应不低于劳动者正常工作时间的工资，且具体支付标准需按照工作时间延长的不同情况（工作日、休息日、法定节假日）分别支付不低于工资的150%、200%、300%的工资报酬。如果劳动合同或集体合同中有明确约定，且该约定不低于法定标准，那么可以按照约定执行。

• 税务和社保影响：将加班费计入工资总额可能会影响个人所得税的缴纳和社会保险缴费基数。因此，用人单位在操作时需遵守税务和社保的相关规定，确保合法合规。例如，若劳动者的工资总额因加班费而增加，导致其个人所得税缴纳档次提高，那么用人单位需依法代扣代缴相应的个人所得税。

总结与建议：

加班费作为劳动报酬的重要组成部分，不仅在法律定义上被明确为工资的一部分，还在实际操作中对劳动者的经济补偿、社保缴纳以及劳动纠纷处理等方面产生着重要影响。因此，无论是用人单位还是劳动者，在处理与加班费相关的问题时，都应严格遵守相关法律法规，确保双方的合法权益得到妥善保护。如果你在加班费计算、工资支付或劳动纠纷处理等方面遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。